wtorek, 11 grudnia 2012

Taksonomia

Inline images 1

W temacie niedawnej dyskusji z taksonomią w tle:


Pozdrawiam
Szymek

24 komentarze:

  1. Ten fragment jest najlepszy
    "Zespołowa praca oparta na ich bezwzględnym wyzysku (bo mniej niż 10 proc. doktorantów ma szansę na stałe zatrudnienie w wybranym zawodzie) zdominowała rynek nauki"
    Kwintesencja i przepis na karierę naukową.

    OdpowiedzUsuń
    Odpowiedzi
    1. Ci wyzyskiwani doktoranci, w trackcie wykonywania prac badawczych uczą się myślenia analitycznego, formułownia problemów, znajdowania metodycznych sposobów rozwiązywania tych problemów, różnych technik pomiarowych, efektyywnego sporzadzania raportów pisemnych i prezentacji ustnych, pisania wniosków o finansowanie przedsięwzięć, a także czegoś o szerszym świecie jesli pojeżdżą na konferencje i staże...

      ... a potem idą do firm komercyjnych i zarabiają od strzału większe pieniądze niż ich profesorowie. Oczywiście też nie wszyscy. Są tacy którzy potem zostają stolarzami, sprzedawcami czy kierowcami. Ale sadze że i dla ich życia to niekoniecznie musiał być okres stracony.

      Studia doktoranckie tylko u nas kojarzą się jeszcze wyłacznie jako etap kariery naukowej, ale też się to pewnie niedługo zmieni.

      A co do głównego tematu: też uważam, że powinny być specjalne programy finansowania projektów mających na celu uzupełnianie opisu rożnorodności biologizcnej - albo jak kto woli na projekty taksonomiczne. Ale główny strumień takich funduszy powinien iść nie przez instytucje takie jak NCN, a przez programy Ministerstwa Ochrony Srodowiska i Zasobów Naturalnych, organy administracji terytorialnej państwowej i samorządowej, także Ministerstwo Sportu i Turystyki (walory przyrodnicze!), itd. I w konkurencji o takie fundusze kryteria oceny wniosków powinny być zupełnie inne niż w NCN czy innych ścieżkach finansowania poprzez MNiSW.

      Pawel Koteja

      Usuń
    2. Ciche głosy stłamszonych doktorantów z UJ mówią coś zupełnie innego...

      Usuń
    3. Oj nie tylko z UJ, nie tylko.

      Usuń
  2. Trzeba mieć chody by móc takie 'żale' opublikować w GW, kto kolejny czuje się niedowartościowany?

    OdpowiedzUsuń
    Odpowiedzi
    1. Właśnie, musi się za tym kryć jakiś masoński spisek. Dać łamy tak niepopularnym poglądom. Kto za tym stoi i kto to opłacił? Kto znowu chce, aby pieniądze podatnika były marnowane? Na szczęście NCN daje odpór tym nieprawym zapędom (vide wypowiedzi prof. Koteji przy okazji dyskusji nad wyborami do CK).

      Usuń
    2. Coś się anonimowemu powyżej pomyliło! Przecież to NCN został opanowany przez masonów czy mafię, a już na pewno przez "koterie" (cytat z dyskusji z wczesniejzszego wątku). Ale ja się przyznaję tylko do tego pierwszego - niedawno rzeczywiscie zostałem zaproszony do czegoś w rodzaju loży masońskiej!

      Natomist w tym się zgadzam z anonimowemym kolegą z komentarza powyżej, że stawianie zarzutów takich jak ten o "chodach" jest absurdalne. To co napisał prof. Węsławski uważam za jak najbardziej sensowne. Tyle tylko, że nie uważam, by program podstawowego katalogowania różnorodnosci biologicznej miał fnansować NCN (więcej w komentarzu powyżej, pod uwagą o wyzysku doktorantów).

      Pawel Koteja

      Usuń
  3. to nie jest zabawne, że przez całą naukę na naszej wielkiej uczelni część opisowa nauk, w tym taksonomię, z reguły tylko wyśmiewano.

    OdpowiedzUsuń
    Odpowiedzi
    1. Grzesiek, ja nie wiem czy tak wyśmiewano. Jakieś przykłady??

      Przede wszystkim taksonomii (i taksonomów) było tam jak na lekarstwo, a poza tym jak już byli to najczęściej tacy, co tylko zbierają wiadra bezsensownie zabitych zwierząt, tylko po to, żeby uzupełnić fikcyjne zbiory... Nikt, nigdy tego nie oznaczy i "kolekcja" wyląduje na koniec na śmietniku...

      Usuń
  4. Dołączając się do dyskusji dodam tylko, że wg mnie wielu taksonomów - poza oczywiście robieniem nauki taksonomicznej (która jest wg mnie potrzebna i wartościowa) z powodzeniem mogłoby wykorzystać swoje dane w bardziej złożonych problemach ekologicznych i ewolucyjnych. Zacząłem współpracować ostatnio z botanikami z UJ i sami nie mogli uwierzyć jakie pokłady inforamcji kryją się w ich danych - zbieranych przez dziesiątki lat lokalizacji poszczególnych gatunków naszej flory oraz danych porównawczych dla konkretnych grup roślin. Tkasonomia może i nie ma takiego przebicia jak inne dziedziny biologii - ale dzięki podejmowaniu współpracy lub sięgnięciu poza utarty schemat takich badań można naprawdę wyciągnąć z takich danych...

    OdpowiedzUsuń
  5. Odnoszę wrażenie, że wielu przedmówców stawia znak równości między badania różnorodności biologicznej i taksonomią. Ci "co zbierają wiadra bezsensownie zabitych zwierząt" chyba raczej aspirują do bycia badaczami bioróżnorodności (ekologami?)niż taksonomami, nieprawdaż?

    Natomiast nad stanem badań różnorodności biologicznej nie wylewał bym takiego morza łez jak to uczynił cytowany oceanograf - jest to moim zdaniem bardzo popularna i dobrze rozwijająca się dziedzina, o czym świadczy wiele poczytnych i wysoko ocenianych czasopism. Co nie oznacza, że stan wiedzy o lokalnych zasobach przyrodniczych jest satysfakcjonujący - ale zgodzę się z Pawlem Koteją że sponsorem takich inwentaryzacji nie powinien być NCN ale raczej fundusze ochrony środowiska, urzędy gmin itd.

    OdpowiedzUsuń
  6. Zgadzam się z anonimowym powyżej, zdecydowanie należy rozróżniać taksonomię, badanie różnorodności biologicznej i inwentaryzację przyrodniczą. Uznawanie taksonomii za dziedzinę stricte opisową jest podobnym błędem jak nazywanie ekologami osób protestujących przeciw budowie spalarni śmieci. Istotą taksonomii jest klasyfikacja a nie identyfikacja, choć w niektórych trudnych grupach z (poprawną) identyfikacją radzą sobie jedynie taksonomowie w tych grupach pracujący. Bez względu na to czy klasyfikacja ta opiera się o fenetykę czy filogenetykę jest to budowanie falsyfikowanlych hipotez, które można empirycznie testować. Czy naprawdę Waszym zdaniem taka dziedzina nie zasługuje na finansowanie z NCN?

    OdpowiedzUsuń
  7. Naprawdę uważacie, że alfa-taksonomia, rozumiana jako opisywanie nieznanych wcześniej nauce gatunków (co idzie ciagle w setki i tysiące) i wyższych jednostek taksonomicznych (bo takie też są ciągle odkrywane) nie zasługuje na finansowanie z NCN? Paweł Koteja i niektórzy inni dyskutanci - chyba niechcący - myli chyba taksonomię z czymś w rodzaju faunistyki czy florystyki ("spis motyli dziennych okolic Dzierżążna Małego", "mszaki rezerwatu Bździągwy Duże"). Tego oczywiście nie ma sensu finansować z NCN, jest mnóstwo innych źródeł, które powinny potraktować sprawę bardzo poważnie. Ale taksonomia to coś zupełnie innego. Na przykład to:
    http://link.springer.com/article/10.1023%2FA%3A1005511129475?LI=true
    to: http://www.mapress.com/phytotaxa/content/2009/f/pt00001p056.pdf
    to: http://www.orchidaceousbooks.com.au/epages/OrchidaceousBooks.sf/en_AU/?ObjectPath=/Shops/OrchidaceousBooks/Products/OB12026
    to: http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1017/S1477200004001549
    albo to: http://annales.miiz.waw.pl/annales/article/view/131
    aż do tego: http://phys.org/news/2011-02-xenacoelomorpha-phylum-animal-kingdom.html

    czy to są sprawy dla urzędów gmin i funduszy ochrony środowiska?

    nie będzie żadnych badań nad różnorodnością biologiczną, żadnej makroekologii, żadnej landscape ecology, żadnej biogeografii, jeśli nie będziemy wiedzieli "który gatunek jest który"

    Mateusz Ciechanowski

    OdpowiedzUsuń
  8. Tak, naprawdę uważamy, że taksonomia w takim wydaniu, jakie tu zaprezentowałeś, nie jest nauką, tylko rzemiosłem. I nie powinna być finansowana ze źródeł na badania NAUKOWE. Czyli na rozwiązywanie problemów, testowanie hipotez w zgodnie z metodyką naukową.

    OdpowiedzUsuń
  9. jest to błędne postawienie sprawy, ponieważ każdy opis nowego taksonu jest testem falsyfikowalnej hipotezy o odrębności tego taksonu od innych, dotychczas znanych. W oparciu o różne przesłanki - morfologiczne, molekularne, statystyczne. Jest to robione lepiej lub gorzej, stąd jedne ukazują się w Zootaxa i Phylotaxa, inne lądują w Pol. J. Ent., bo im w tych pierwszych nie przyjmą. Wszystkie są potrzebne i wszystkie są nauką. Zresztą nie dałem tylko przykładów opisów pojedynczych gatunków, ale również rewizje wyższych jednostek, a to już są testy hipotez filogenetycznych (gdyż ponieważ współczesna taksonomia z definicji ma odzwierciedlać filogenezę). Oczywiście nie jestem taksonomem (ba, w ogóle jestem nikim), gdyby ktoś pytał, a nie chciało mu się sprawdzać.

    OdpowiedzUsuń
  10. powyższe napisałem ja, Mateusz Ciechanowski :-)

    OdpowiedzUsuń
  11. "Trzeba mieć chody by móc takie 'żale' opublikować w GW, kto kolejny czuje się niedowartościowany?" czy prof. JMW (również niebędący taksonomem) może czuć się niedowartościowany? Scopus: Documents - 85, Citations - 980, H - 19. Jak na ekologa nie jest to najgorszy wynik?

    Mateusz Ciechanowski

    OdpowiedzUsuń
  12. Żeby rozmawiać o taksonomii trzeba wyjść poza stereotyp rzemieślnika mechanicznie identyfikującego gatunki i stawiającego kropki na mapie, który od czasu do czasu opisuje nową formę. Istotą współczesnej taksonomii jest klasyfikacja poprzez odkrywanie naturalnych relacji pomiędzy organizmami. W poszukiwaniu tych relacji można sięgać i sięga się do bardzo różnych źródeł cech taksonomicznych (morfologii, anatomii, ekologii, genetyki itp.) Im więcej cech jest zaangażowanych tym pełniejszy obraz. Zawsze jednak buduje się hipotezy, które można empirycznie testować. Problem w tym, że wypracowanie takiej koncepcji wymaga czasu i dlatego taksonomia nigdy nie będzie popularna co nie znaczy, że nie przedstawia wartości lub nie jest nauką
    JZG

    OdpowiedzUsuń
  13. Przynajmniej część przytoczonych przeze mnie przykładów właśnie wykracza poza "stereotyp rzemieślnika". Zobaczcie jak zrobiono rewizję madagaskarskich Microcebusów - uwzględniono zmienność morfologiczną, rozdział gatunków wsparto analizami funkcji dyskryminacyjnej (DFA) i innymi statystykami, nałożono ją na kwestie biogeograficzne, sporządzono klucze (a więc implikacje praktyczne). Przyjrzyjcie się, jak wiele różnych dziedzin biologii integruje artykuł o Laonastes aenigmamus. A ustalenie pozycji taksonomicznej Xenoturbella (ostatnia pozycja z brzegu), przy której zastosowano zaawansowane analizy z zakresu filogenetyki molekularnej miało znaczenie kluczowe dla zrozumienia filogenezy Bilateralia, w tym nas samych, skoro okazał się on być bazalnym wtóroustym! Identyfikowanie gatunków i stawianie kropek na mapie to NIE JEST taksonomia tylko faunistyka/florystyka, rzecz przydatna owszem i moim zdaniem też może być nauką, ale raczej nie wymaga wsparcia NCN i nie o tym mówimy. Taksonomia to nauka o klasyfikacji organizmów - opisywanie nowych, oraz rewidowanie statusu (czy rzeczywiście odrębne gatunki?) i szukanie filogenetycznych powiązań między już znanymi. Ale są grupy, w których pozostała do zrobienia gigantyczna robota na bardzo rzemieślniczym poziomie (właśnie "mechanicznego opisywania kolejnych nowych gatunków"), której nie da się przeskoczyć. Na przykład owady, zwłaszcza w biomach tropikalnych (vide ten nowy rodzaj kózkowatych z Ann. Zool.). I jest to ciągle jedno z ważnych zadań współczesnej biologii.

    Mateusz Ciechanowski

    OdpowiedzUsuń
    Odpowiedzi
    1. jak najbardziej wykraczasz, nie z Tobą polemizuję, z Tobą się zgadzam
      JZG

      Usuń
  14. no i pozostaje jeszcze jedno pytanie: jakim to cudem OPISYWANIE kolejnych nieznanych genów i ich transkryptów, a także ich funkcjonalności jest nauką i wcale nie jest rzemiosłem, natomiast opisywanie kolejnych nieznanych gatunków i szczegółów ich biologii czy rozmieszczenia już nauką nie jest, stanowi prostackie rzemiosło, które powinno znaleźć się tam, gdzie zbieranie znaczków, gry komputerowe i wędkarstwo.

    opis rzeczywistości jest równie ważnym celem nauki co jej wyjaśnianie, choć intelektualnie jest z pewnością o wiele łatwiejszy i zgadzam się, że stanowi o wiele mniejsze wyzwanie. Ale czy sporządzenie mapy powierzchni Marsa albo Merkurego (bez żadnych hipotez!), albo ustalenie składu chemicznego marsjańskiej gleby jest zadaniem dla nauki, czy też to hobby i rzemiosło?

    Mateusz Ciechanowski

    OdpowiedzUsuń
  15. Cieszę się z tych głosów powyżej, chociaż nie jestem przekonany czy Koledzy kogokolwiek z gremiów tworzących system i rozdzielających pieniądze przekonają. Cały czas w tych dyskusjach staramy się uzasadniać merytorycznie istotność pewnych gałęzi biologii (i nie tylko), rozpatrywać co może lub nie może być nauką itd., ale w systemie nie o te meritum chodzi. Przy ograniczonych zasobach toczy się bój o najważniejsze tzn. o pieniądze. Koledzy ekolodzy i ewolucjoniści z tego bloga doskonale wiedzą, że w modelach strategii ewolucyjnie stabilnej w większości przypadków zwycięża agresor, a możliwość porozumienia jest tylko wtedy, kiedy powstaje grupa legalistyczna. A ona może powstać tylko wtedy, kiedy liczba legalistów przekroczy 50%. System na samym początku wygenerował sytuację, że w grupach decyzyjnych uzyskali znaczną przewagę reprezentanci jednej opcji i w skrajnie nie legalistycznym układzie polityka układowa nie ma szans. Liczy się agresja i trzymanie decyzji w ręku. Już z rozkładu jednostek w ocenie parametrycznej wyraźnie widać, że duże niejednorodne wydziały z poważnym udziałem biologii środowiskowej i taksonomii nie miały szans na wejście do grupy A (którą zdominowały wydziały molekularne lub z większym udziałem biologii eksperymentalnej). Kolejny przepis mówiący, że do gron decyzyjnych wchodzą tylko osoby z jednostek kategorii A jeszcze bardziej skanalizował cały system. I liczenie w tej chwili na zmianę przez zrozumienie ze strony tych co decydują jest naiwnością (przykro mi to pisać jako taksonomowi, ale też wykładowcy ewolucjonizmu i socjobiologii człowieka, ale to właśnie te doświadczenie prowadzi mnie do tych wniosków). Dlatego niektórzy trzymający decyzje w ręku mogą nam teraz dobrotliwie mówić, że rozumieją to co robimy, że jest to potrzebne i słuszne, ale niech to finansują gminy, urzędy ochrony środowiska itd. ale broń Boże nie NCN, które jest świątynią "prawdziwej" nauki. W Polsce jest poważny problem w tym, że my nie mamy prawnych możliwości tworzenia równoległych systemów finansowania (a przynajmniej jest to bardzo trudne). System jest strasznie scentralizowany, a możliwość stworzenia dużych fundacji nakierowanych na konkretne cele bardzo ograniczona. Marzy mi się np. taka fundacja jak Ernst Mayr Foundation uniwersytetu Harvarda nakierowana na dofinansowywanie projektów taksonomicznych dla młodych badaczy (nota bene mogą do niej startować również polscy młodzi taksonomowie, mój syn był dwukrotnie stypendystą tej fundacji, po raz pierwszy jeszcze jako doktorant naszego uniwersytetu). Polski kapitał nowobogacki nie jest jeszcze przygotowany, niestety, na wspomaganie tak wysublimowanych i mało nagłaśnianych publicznie działań.

    Lech Borowiec

    OdpowiedzUsuń
  16. Ale przecież są pisma systematyczne, ktore mają wysoki impact factor np systematics biology ma 12. Nasi systematycy czesto publikuja swoje dobre prace w marnych czasopismach. Jeśli ncn doprowadzi do tego, że nasi systematycy zaczną publikować wreszcie w dobrych czasopismach, w których mogą publikować to profesor koteja powinien dostać order, a systematycy granty.

    OdpowiedzUsuń
    Odpowiedzi
    1. No i kolejne zawracanie wody kijem. A czy kolega w ogóle zaglądał jakie prace w tym czasopiśmie publikują? Jest kilka bardzo wysoko impaktowanych czasopism pod hasłem Systematics, ale one publikują albo syntezy filogenetyczne na wysokim poziomie rozważań, albo prace teoretyczne poświęcone teorii klasyfikacji. Oczywiście, publikowanie w nich to duży splendor, ale takie prace to mniej niż 0.1% całej produkcji w dziale Taksonomia i systematyka. Zresztą w już innym miejscy na tym blogu to było dyskutowane (np. polemiki prof. Borowca z prof. Koteją). Problem bardziej leży w tym, co pisze kol. Ciechanowski. Dlaczego każdy opis na poziomie redukcyjnym tzn. w biologii molekularnej z automatu może liczyć na publikację w czasopiśmie, którego IF jest kilkakrotnie wyższy niż topowych czasopism taksonomicznych (z reguły poniżej 1) i wszyscy cmokają jaka to super praca i jak szybko na takich pracach można robić karier. Na naszym wydziale przeciętna liczba prac przy habilitacji w ostatnich latach w dorobku molekularnych wynosiła 18, a systematyków ok. 50, bo takie liczby dają porównywalną liczbę punktów i sumaryczny IF dla osiągnięcia progu do startowania habilitacji. Przy czym większość lub wszystkie prace w dorobku jednych i drugich można zaliczyć do opisowych, a nawet ci drudzy więcej dostarczali syntez (np. rekonstrukcje filogentyczne i reklasyfikacje). NCN na pewno nie doprowadzi do tego, że systematycy będą publikować w najlepszych czasopismach bo prof. Koteja na tym forum wyraźnie dał do zrozumienia, że taksonomia nie ma szans na finansowanie przez NCN chyba, że wyjdzie poza taksonomię (ale dlaczego nie wymagać tego np. od opisywaczy genów, aby poza opisem jeszcze coś do swojej nauki wnieśli).

      Usuń