sobota, 31 grudnia 2016

Rozmowy przy wycinaniu lasu

Weszło w życie nowe prawo zmieniające zasady wycinania drzew na prywatnych posesjach i wybuchła dyskusja dotycząca tych przepisów. Dyskusja ta (choć trudno nazwać to dyskusją, raczej potok złorzeczeń wśród których trudno znaleźć argumenty merytoryczne) dobrze pokazuje tragicznie schematyczny sposób myślenia ludzi zaangażowanych w ochronę przyrody w Polsce. Tytułem komentarza zamieszczam dwie luźne refleksje, zaczynając od abstrakcyjnego przykładu z chomikiem:

W celu poprawienia życia chomików trzymanych w domach, minister - na wniosek organizacji broniących praw chomików - drastycznie zaostrza przepisy. Zakup chomików ma być od teraz licencjonowany, by osoba nieodpowiedzialna, niestabilna psychicznie, o zbyt niskim dochodzie na członka rodziny, lub karana w przeszłości, nie mogła sobie od tak kupić chomika, któremu później nie będzie mogła/umiała/chciała zapewnić godnych warunków życia. A więc licencje w oparciu o krótki wywiad z psychologiem i przedstawienie zaświadczenia o dochodach i niekaralności, poprzedzone obowiązkowym kursem o biologii chomików. By kontrolować sprzedaż, sklepy zoologiczne muszą prowadzić listę rozrodu chomików i dokumentować każdą transakcję, jak również każde urodzenie żywe i zgon chomika, w odpowiednich księgach. Karmy dla chomików muszą mieć od dziś atest odpowiedniego laboratorium - nie można przecież pozwolić, by chomik jadł to, co mu daje niewykształcony w tym kierunku właściciel. Dalej - warunki przetrzymywania chomików: koniec ze zbyt małymi klatkami ustawionymi w zbyt zacienionym miejscu - od teraz właściciel musi przedstawić projekt klatki przed otrzymaniem zgody na zakup chomika, a inspektor ma prawo skontrolować sposób trzymania chomików przez właścicieli (od 7:00 rano do 21:00 z wyłączeniem niedziel) i nałożyć mandat na nieprzestrzegających wytycznych ministerstwa (do ściągnięcia ze strony ministerstwa poradnik "Chów chomików" w pdf, 350 stron) lub zarekwirować zwierzę, gdy właściciel okaże się trwale niekompetentny.

I teraz zastanówmy się - jakie skutki dla chomików przyniesie wprowadzenie takich przepisów? Zwróćmy najpierw uwagę, że wszystkie powyższe postulaty są ze wszech miar słuszne, pożyteczne, mądre i stworzone w dobrej wierze, przez ludzi szczerze oddanych chomikom (część z nich nawet uznaje chomiki za istoty równe ludziom i domaga się dla nich praw obywatelskich). Mamy więc właściwe przepisy, mamy środki, ludzi, know-how, itd. Jaki będzie efekt wprowadzenia tych przepisów? Chyba nikt myślący nie ma wątpliwości, że całkowicie zniknie hodowla chomików. Nikt nie będzie chciał hodować chomika, jeśli ta hodowla jest tak problematyczna. Chyba żaden hodowca chomika nie trzyma zwierzątka po to, by je męczyć; przeciwnie - trzyma je z sympatii dla niego i dba o nie. Ale obstawienie tej relacji przepisami, potencjalnymi karami i nakazami potrafi nawet chomikowych geeków zmusić do wywalenia chomika na łące i niekupowania kolejnych.

Druga refleksja dotyczy już bezpośrednio drzew. Protestujący obrońcy przyrody mówią, że pozostawienie właścicielowi nieruchomości decyzji dotyczącej wycinki spowoduje "rzeź drzew". Najbardziej prawdopodobny (wg nich) scenariusz jest następujący: obudziwszy się na sylwestrowym kacu pierwszego stycznia właściciel łapie za piłę i wycina wszystkie drzewa na swojej działce. Bo mu wolno. Wnioskują więc, by mu nie było wolno. Widzę tutaj dwa błędy logiczne, które upośledzają cały ten protest (i wiele podobnych):
1. Człowiek chce wycinać drzewa. Przeciwnie, człowiek sadzi dużo drzew w miejscach które zasiedla, dla własnej przyjemności. Jeśli buduje dom w lesie (rzadko, bo nie wolno) to oczywiście musi część wyciąć, ale w wielu miejscach osiedla ludzkie powodują wzrost liczby drzew (wizualizacja poniżej).
2. Obecnie ich nie wycina, bo nie wolno (tych starszych). Tymczasem wiele wskazuje na to, że jest dokładnie odwrotnie - ponieważ wiadomo, że na wycięcie starszych drzew potrzebne jest pozwolenie, ludzie wycinali je zanim osiągnęły ten wiek, by uniknąć późniejszych kłopotów. Czyli restrykcje powodują - odwrotnie do zamierzeń, a podobnie jak z chomikiem - bardziej intensywne wycinanie drzew. Sam znam trzy takie przypadki z najbliższej okolicy: na pustej działce był nalot brzozy, drzewa rosły, śpiewała nawet w nich wilga, gniazdowała sroka. Ale jak urosły za bardzo, to przyjechał właściciel i wyciął wszystkie, i potem działka znowu kilka lat stała pusta. Wyciął, bo wiedział, że jak urośnie mu las, to nie będzie mógł tam nic zrobić. 

Zamiarem tego wpisu jest pokazanie, że prawo nie działa tak, jak chcieliby jego twórcy, bo zawsze wchodzi w interakcję z rzeczywistością. Zrozumienie tego jest bardzo ważne - legislacją nie zdołamy pchać rzeki pod górę, dlatego przyrodnicy nie powinni tak ślepo wierzyć w prawo (zabrońmy niszczyć przyrodę = odniesiemy sukces). Powinniśmy raczej myśleć plastycznie i dopasowywać nasze działania ochroniarskie do realiów, i z tej perspektywy oceniać nowe przepisy, bo być może ich efekt wcale nie będzie zgodny z dosłownym zapisem. Jednym słowem: myślmy szerzej. Przeraża mnie to, że nasze środowisko ma tak szczelne klapki na oczach.

A na koniec porównanie: dzielnica Białołęka w NE części Wwy, gdzie mieszkam - w roku 1945 i 2006. Porównajcie proszę liczbę drzew, odpowiadając sobie na pytanie czy tak bardzo trzeba ludzi przekonywać o niewycinaniu drzew na swoich posesjach:
1945
2006

Michał Żmihorski

PS jeszcze z roku 2016, bo pojawiły się podejrzenia, że wszystko wycieli przez 10 lat ;-)

niedziela, 25 grudnia 2016

Czy Nauka potrzebuje Państwa?



Nauka była wymieniana przez Miltona Friedmana (amerykański ekonomista, laureat nagrody Nobla) jako forma aktywności człowieka, której powstanie i ewolucja są procesami spontanicznymi – zachodzą bez intencyjnego planowania ze strony władz. Nauka jest zatem naturalną aktywnością człowieka, a stawianie pytań dotyczących nieznanego – naszą wewnętrzną potrzebą. Konsekwencją tego naturalnego rodowodu nauki jest spontaniczny porządek, który w tej dziedzinie pojawia się samoistnie, bez wydającego dyspozycje ministra: wymiana informacji między naukowcami, weryfikacja teorii i dokonań naukowców, hierarchia, instytucje, ścieżka kariery, itp. Friedman, obok nauki, do takich zjawisk zalicza język – twór nieprawdopodobnie złożony, który powstał, udoskonalił się i spełnia kluczową funkcję dla rozwoju całego gatunku ludzkiego, bez jakiegokolwiek intencyjnego planowania i regulowania (nie ma przecież Ministerstwa Języka, które decyduje, co jest czasownikiem, i chyba nikt nie wierzy, że jakiekolwiek ministerstwo potrafiłoby coś takiego jak język zaprojektować).
Przyjmując choćby chwilowo teorię spontaniczności nauki, spójrzmy na współczesnych naukowców w Polsce, Nie ma wątpliwości, że nie znajdziemy tu zbyt wielu wyznawców tej teorii. Przeciwnie, znaczna większość jest przekonana o przewodniej roli Państwa w funkcjonowaniu nauki, gdzie dobrze kierowane, roztropne i odpowiednio finansowane Ministerstwo Nauki z przybudówkami, wydaje się być osią systemu i warunkiem sine qua non rozwoju tej dziedziny. By przekonać się, że tak właśnie jest, wystarczy przejrzeć recepty na poprawę sytuacji w nauce konstruowane przez większe grupy naukowców (np. w Pakcie dla Nauki, autorstwa Obywateli Nauki): przede wszystkim więcej finansowania, uregulowanie zasad i uszczegółowienie legislacji, powołanie dodatkowych instytucji porządkujących system i kontrolujących jego składowe, stworzenie przez odpowiednie ciała naukowo-urzędnicze długoterminowych wizji rozwoju i koncepcji zarządzania nauką w Polsce, inicjowanie nowych kierunków, itd. Napisanie na profilu ON na facebooku czegoś o zmniejszeniu roli Państwa automatycznie uruchamia falę silnej krytyki, co kilkukrotnie testowałem empirycznie.
Dlaczego takie postawy dominują wśród naukowców? Moim zdaniem dlatego, że znacznie przeceniamy znaczenie Państwa (rozumianego tu jako sieć instytucji budżetowych regulujących i finansujących) dla nauki. Nie dziwi mnie to przecenianie, gdyż na pierwszy rzut oka, całe nasze naukowe życie zawdzięczamy instytucjom i kierującym nimi urzędnikom – oni nas kształcą, egzaminują, zatrudniają, dając pensje i granty, pracujemy w budynkach państwowych i na państwowym sprzęcie, grupujemy się w państwowych jednostkach, podlegamy państwowym rankingom i zdobywamy państwowe stopnie i tytuły. Zamiarem tego wpisu jest uderzenie młotkiem w tej ładny obrazek i próba pokazania, jak niewielki w istocie jest udział instytucji państwowych w funkcjonowaniu nauki. Konkrety:

1.     Zacznijmy od materialnych drobiazgów. Wszystkie narzędzia, których używamy w pracy, od najprostszych przedmiotów w rodzaju ołówka czy kartki papieru, poprzez nieco bardziej skomplikowane lornetki, laptopy, GPSy, aż do najbardziej zaawansowanych maszyn w stylu mikroskopów i  sekwenatorów – wszystko to jest wytworem prywatnych firm i to w zdecydowanej większości zagranicznych. Laptop lub monitor, na którym drogi Czytelniku czytasz z przerażeniem te słowa, został wyprodukowany z drugiej strony globusa, w Chinach. Więc w tej dziedzinie Państwo nie zapewnia de facto żadnego wsparcia, bo po prostu korzystamy z owoców rynku.
2.     To samo z oprogramowaniem. Tutaj również korzystamy wyłącznie z produktów oferowanych, odpłatnie lub nie, przez komercyjne firmy; o ile wiem urzędnicy nie opracowali polskiego Microsoft Office’a, czy eRa.
3.     W przypadku komunikacji często korzystamy z usług np. Skype i Gmail, dostarczanych przez komercyjne firmy zewnętrznych, bo nie jesteśmy zadowoleni z jakości działania i pojemności naszych instytutowych skrzynek pocztowych (z resztą działających w oparciu o zagraniczne serwery lub programy obsługujące).
4.     W dziedzinie wymiany informacji w świecie wirtualnym często musimy korzystać z Research Gate jeśli chcemy prezentować swoje dokonania naukowe, zakładamy też profile na faceboooku i w innych komercyjnych mediach, albo prywatne strony na zewnętrznych serwerach, bo strony internetowe większości instytucji są niefunkcjonalne lub w inny sposób upośledzone, nie ma na nich PDFów, nie są uaktualniane latami, trudno je edytować itp.
5.     A na przykład taki detal, jednak ważny, jak usługi lingwistyczne – czy Państwo zapewnia nam np. dobrych państwowych weryfikatorów języka angielskiego? Nie, również w tej dziedzinie musimy samodzielnie znaleźć taką osobę i jej zapłacić.
6.     A może mamy sprawne państwowe wsparcie z zakresu analizy danych, albo wysokiej jakości państwowe kursy w tej (lub innych) tematyce? Nic z tego - te które znam, są inicjatywami konkretnych osób i znaczna ich część jest przedsięwzięciami komercyjnymi. Więc gdy potrzebujemy wsparcia merytorycznego, to musimy sami się o nie zatroszczyć.
7.     A może mamy sprawne i niedrogie usługi, na przykład państwowe laby genetyczne? Czasem mamy (ale tylko jeśli im zapłacimy, więc są de facto częścią rynku użytkując państwowy sprzęt) ale często musimy wysyłać próbki na drugą stronę kuli ziemskiej do Korei, albo do Szwajcarii. Więc tutaj musimy sami kombinować, bo akurat w tej dziedzinie Państwo nie bardzo jest pomocne.
8.     A może agencje rządowe zapewniają nam łatwy dostęp do danych środowiskowych? Wchodzimy na stronę IMGW i po kilku kliknięciach mamy na dysku bazę danych o pogodzie lub stanie rzek? Mamy łatwy dostęp do innych danych państwowych (np. LIDAR, dane kartograficzne, Agencje Rolne)? Możemy łatwo pobrać dane wektorowe pokazujące np. zagrożenie powodziowe, użytkowanie gruntów? Większość tych danych jest cholernie trudno dostępna, wymaga pisania pism i długiego oczekiwania, inne w ogóle nie są dostępne. Na szczęście niektóre dane są dostępne w instytucjach zagranicznych (np. NOAA z USA)
9.     Czy mamy dobre polskie czasopisma, bez których nie możemy promować swoich wyników? Nie – 99% liczącej się działalności wydawniczej, dzięki której istniejemy jako naukowcy, to zagraniczne wydawnictwa komercyjne, a te nieliczne Polskie, nie powstają dzięki urzędnikom i borykają się z poważnymi trudnościami finansowymi. Więc również w tej dziedzinie Państwo nie zapewnia nam nic.
10.  To może chociaż mamy rzetelny państwowy system oceny tych czasopism? Niestety akurat w tej dziedzinie Państwo dostarcza jedynie absurdalny i budzący śmiech Wykaz Czasopism naukowych, według którego kilka publikacji w Sylwanie znacznie przewyższa jedną w Oikosie, dlatego ten wykaz jedynie przeszkadza (bo wpływa na finansowanie) i stosujemy własne – w oparciu o zewnętrzne wskaźniki jakości (IFy itp.) i zdrowy rozsądek.
11.  W takim razie, może urzędnicy zapewniają nam sprawne i aktualne bazy czasopism, dzięki którym możemy wyszukiwać interesujące nas artykuły? A może mamy dobrą polską wirtualną bibliotekę, bez której nie mielibyśmy dostępu do PDFów i książek? Niestety akurat ten obszar wychodzi poza zainteresowanie urzędników i tutaj musimy korzystać z zewnętrznych inicjatyw, takich jak ISI, Google Scholar, Research Gate lub Scopus.
12. To może chociaż centralna władza zapewnia nam jasny i klarowny system oceny jednostek naukowych? Tak się pechowo składa, że niestety system oceny jednostek akurat jest rażąco mało klarowny i opracowywany wstecznie, więc panuje tu wyjątkowy bałagan. Ale możemy korzystać z rankingów zewnętrznych (np. Szanghajskiego, Perspektyw itp.).
13.  To może dostajemy od Państwa wiarygodny system rozwoju kariery naukowej i możemy zaufać stopniom i tytułom, że są nadawane w oparciu o wiedzę i osiągnięcia? Niestety tutaj państwowe instytucje nie sprawdzają się i nikt zdrowy na umyśle nie bierze na serio tych stopni – niejeden profesor nie powinien oglądać Uniwersytetu nawet na zdjęciach, a wielu obecnych kierowników/dziekanów/dyrektorów itd., swoje stanowiska zawdzięcza układom i znajomościom i obejmuje ważne funkcje mimo rażących niekompetencji. Zatem w tej dziedzinie Państwowe regulacje nie są zbyt przydatne i prowadzimy swoje własne prywatne oceny kompetencji.

Ta lista mogłaby być dłuższa i bardziej szczegółowa, ale już tych kilka punktów powinno zachęcać do przemyślenia sprawy. Zwróćcie uwagę, że robiąc Naukę wszystko zawdzięczamy sobie albo zewnętrznym dostawcom usług i narzędzi, a prawie nic nie dostajemy od instytucji państwowych. Przemyślcie proszę następujące pytanie: jaka część Waszej obecnej aktywności naukowej nie byłaby możliwa, gdyby zniknęła cała „opieka” ze strony ministerstwa i pokrewnych instytucji? Myślę, że żadna. Instytucje państwowe i kierujące nimi osoby spełniają dziś jedną rolę: są pośrednikami między zleceniodawcą (podatnikiem), a zleceniobiorcą (nami) usługi o nazwie „Nauka”, odcinając przy okazji troszeczkę z tych środków dla siebie (utrzymanie kilku hektarów biur w centrum miasta i pracujących w nich tysięcy ludzi troszkę kosztuje…). Nie nawołuję do anarchii, nie jestem przeciwnikiem Państwa, nic z tych rzeczy. Nawołuję wyłącznie do refleksji i do spojrzenia na ten system z zewnętrznej perspektywy, chociaż na chwilę. Poświęćcie pięć minut, ale tak dosłownie, i wyobraźcie sobie Naukę nieskrępowaną urzędniczo-prawnymi ramami – może Święta są dobrą okazją do takiego intelektualnego ćwiczenia.

Jako electronic appendix załączam najlepsze życzenia świąteczne ;-)
Michał Żmihorski

piątek, 23 grudnia 2016

Uczelnie nie nadążają

Polecam lekturę artykułu, który ukazuje do jakich skutków może prowadzić radykalne podejście do wymagań względem naukowców:

http://natemat.pl/196945,uniwersytet-musi-zwolnic-genialnego-fizyka-nie-napisal-referatu-gdyz-ratowal-swiat-i-stworzyl-nagrodzona-apke

Radykalizm punktowy/publikacyjny ma swoje zalety: pozwala wyselekcjonować najbardziej pracowitych i efektywnych naukowców. Ale też łatwo zauważyć jego wady: system punktowy to dość prosta miara bardzo złożonej rzeczywistości, jaką jest postęp naukowy i jakość szkolnictwa wyższego. A prosta miara może prowadzić do wypaczeń, jeśli tylko to wskaźnik stanie się celem głównym zamiast tego, co powinno być mierzone. To tak jak w przypadku poradni i szpitali wykonujących zabiegi, które dają najwyższą stopę zwrotu z NFZ, zamiast koncentrować się na potrzebach zdrowotnych swoich pacjentów. Niestety w polskiej rzeczywistości, z utrwalonym po czasach PRL-u wzbudzającego w pewnych kręgach podziw i zazdrość wzorcem cwanego obywatela oszukującego państwo, taki scenariusz nie powinien dziwić. Trzeba zatem wprowadzić taki system, który będzie możliwie odporny na wypaczenia. I nie zapominać o czynniku ludzkim - reforma minister Kudryckiej została skutecznie zbuforowana nie poprzez brak dobrych rozwiązań prawnych, ale praktykę akademicką (np. fikcyjność otwartych konkursów na stanowiska na uczelni).

Wracając do artykułu: zdaniem uczelni osoby takie jak pan Ernest Grodner, nie powinny być zatrudniane jako nauczyciele akademiccy, bo są zbyt kreatywni niż przewiduje ustawa. A kto lepiej, jeśli nie takie osoby, nadaje się do kształcenia przyszłych przedsiębiorców i osób przekuwających naukę na praktykę? Dlaczego aplikacja pana Ernesta Grodnera, której stworzenie niewątpliwie wymagało inteligencji, dużej wiedzy naukowej i kreatywności, miałaby być mniej ceniona niż artykuł, który zostanie przeczytany ze zrozumieniem może przez 10 osób na świecie? Anachroniczny system szkolnictwa wyższego w Polsce coraz bardziej pogrąża się w alternatywnej rzeczywistości, którą sam tworzy. Oczywiście akademia zawsze powinna mieć do zaoferowania jakąś alternatywę wobec społecznego status quo, ale zamykanie się w - jak to porównał kiedyś Michał - "wieży z kości słoniowej" i tworzenie państwa w państwie nie jest chyba dobrą receptą na mankamenty świata niebezpiecznie wyzierającego spoza uczelniach murów. Zwłaszcza z punktu widzenia kształcenia przyszłych obywateli i pracowników (zwanych czasami w środowisku naukowym - dla poprawy samopoczucia - przyszłymi elitami).

Tomasz Włodarczyk

sobota, 17 grudnia 2016

Call for collaborators for the MLGenSig project

The MI^2 group (University of Warsaw and Warsaw University of Technology), led by Przemysław Biecek, is looking for collaborators interested in machine learning methods and their applications in human genetics. These positions are parts of ,,MLGenSig: Machine Learning Methods for building the Integrated Genetic Signatures'' project funded by NCN program OPUS 11.

The goal of the project is to develop machine learning tools to identify, understand and validate predictive genetic signatures (with applications in the oncology). Signatures are to be created based on an extremely high-dimensional features' set (~20 k for genes' expressions, ~200k for methylation, ~2M for SNPs). A lot of problems to be solved for programmers and data scientists.

Techniques like model ensembles (stacking, boosting and bagging) deep representation learning are to be used to identify cross platform interactions (like methylation in promoters - expression of gene). Analyses will be performed mostly on data from projects: The Cancer Genome Atlas and Roadmap Epigenomics. Analyses will be carried on in a close collaboration with oncologists and molecular biologists.

In case of questions, please do not hesitate to contact with me (more info: http://biecek.pl/MLGenSig/)

Collaborator

(1 position for 3 years for a PhD student)
If you have:
- Strong programming skills in R and/or python,
- Interest in the genetics and oncology,
- Interest in Machine Learning and/or Statistical Modelling (GLM is your friend),
- Strong writing skills in English (if you have published anything it will be a big plus),
- Strong motivation, enjoying challenges and work on hard problems.
We offer a scholarship ~3000 PLN/month (without taxes), a lot of challenging problems to solve and collaboration with interesting people.

Data-Hacker
(2 positions for 1 year for MSc students, renewable every year)
If you have:
- Strong programming skills in R and/or python,
- Understand what the software engineering is about,
- Addicted to details,
- Strong writing skills in English,
We offer a civil contract ~1000 PLN/month. Your primary role will be to develop and maintain new cool machine learning methods as R packages/python libraries.

How to apply?

Send your resume and short motivation letter (in English or Polish). Point out one or two referees (researchers, advisor, employer) that could say something about you. Send these documents by email to przemyslaw.biecek(at)gmail.com (add 'MLGenSig' to the email subject). Please, do this as soon as possible, but not later than 15 February 2017.