poniedziałek, 2 sierpnia 2021

Odszedł profesor Tomasz Wesołowski

Umarł Tomasz Wesołowski. Biolog, profesor, od ponad 40 lat badający ptaki Puszczy Białowieskiej. Z tego co wiem, była to śmierć nagła, zaskoczyła chyba wszystkich, bo Tomek był wciąż aktywny, pracował - sam jeszcze dziesięć dni temu z Nim rozmawiałem.

Gigant nauki - pod względem wiedzy i dorobku naukowego, naukowiec zdecydowanie światowego formatu, aktywny międzynarodowo, o ogromnych zasługach dla polskiej biologii i ekologii. Wzór. W niewielkim stopniu współpracowałem z Nim zawodowo, napisaliśmy wspólnie cztery mniejsze opracowania popularyzujące wiedzę o ochronie lasów, również kilka listów i opinii w sprawie Puszczy Białowieskiej. Chyba tylko raz byliśmy w lesie - zaprosił mnie, przyjechałem z Warszawy, pokazywał Puszczę (zdjęcie właśnie z tej wspólnej wyprawy). Nawet tak ograniczona współpraca wystarczyła, bym zapamiętał Tomka jako człowieka o ogromnej wiedzy, bezkompromisowego, jeśli chodzi zarówno o pracę naukową, jak i poglądy dotyczące ochrony przyrody, wybitnie precyzyjnego i zwięzłego w formułowaniu myśli (brzytwę Ockhama nosił w kieszeni, prosił by pisać "las", a nie "ekosystem leśny", bo krócej), pracowitego (pracował od bardzo wczesnych godzin rannych, ostatni mail, jaki dostałem od Niego, z poprawkami jakiegoś tekstu, wysłał o godz. 4:07 rano). Mówił spokojnie, dość wolno, pozwalał sobie wchodzić w słowo, co w ciekawy sposób kontrastowało z Jego bardzo skrystalizowanymi (w sprawach ochrony niszczonej przyrody - nawet radykalnymi) poglądami, dużą wiedzą i szczerością. Słuchał rozmówcy, ale nie sądzę, by łatwo było Go przekonać do zmiany zdania. Nie próbował "robić wrażenia", moim zdaniem zupełnie nie dbał o formę - Jego naturalnym środowiskiem była domena faktu, dowodu, intelektu. 

Tak wiele mógł nam wszystkim jeszcze przekazać, liczyłem na to, że teraz poświęci więcej czasu na popularyzację, że napisze książkę o Puszczy, o nauce; że będziemy mogli więcej się od Niego nauczyć. Nie zdążyliśmy i to jest ogromna strata. 

Michał Żmihorski

wtorek, 25 maja 2021

PhD in genomics of invasive species

A role of genomic diversity and pathogen pressure in the invasion success – a case of common raccoon

A Phd position funded from National Science Centre stipend (3500 PLN/month gross) is available for 3 years, followed by 1 year of the stipend offered through the regular PhD program of Institute of the Nature Conservation, Polish Academy of Sciences

PI: dr hab. Aleksandra Biedrzycka (ORCID 0000-0001-5096-2767).

Formal conditions: Admission to the Doctoral School of Natural and Agricultural Sciences at Polish Academy of Sciences.

The candidates must follow rules and requirements of the Doctoral School and submit the required documents (https://botany.pl/index.php/en/teaching-en/doctoral-school-en/admissions-en) along with the application.

Starting date: 01.10.2021

Project description: Invasive Alien Species (IAS) are animals and plants that are introduced accidentally or deliberately into a natural environment where they are not normally found, with serious negative consequences for their new environment. Human-mediated biological invasions are a component of global change, and their impact on the communities and ecosystems they invade is substantial and complex. Understanding ecological and evolutionary processes that promote invasion is a key first step in developing long-term approaches to prevent future invasions and to manage existing ones. Genetic studies of expanding populations demonstrate that adaptation to novel environments can occur within 20 generations or less, indicating that evolutionary processes can influence invasiveness. Still, it remains largely unknown how local environments shape genomes and population genetic structure of invasive species that successfully colonise a wide range of habitats. 

The ecological factor that is believed to affect invasion success profoundly is the pathogen pressure. According to the enemy release hypothesis, an alien species introduced to a new region will experience reduced impacts from natural enemies resulting in a competitive advantage over resident species.

We use native and invasive populations of common raccoon Procyon lotor to determine the genetic factors responsible for the spectacular success of the invasion of this species in Europe. Comparing genomic diversity of populations in the native and invasive range of the species we determine the mechanisms responsible for rapid local adaptation that determines the success of the invasive species. Using a number of single nucleotide polymorphisms located both in the functional and noncoding regions of the raccoon genome we are going to search for footprints of selection and determine the genomic regions that undergone selection as a result of the invasion process.

To get a comprehensive insight into the factors playing a role in successful invasion, we will use DNA metabarcoding approach to assess and compare the composition of raccoon pathogenic fauna between native and invasive populations. According to the enemy release hypothesis, raccoon pathogens from introduced populations should present lover diversity and prevalence, which facilitates the success of invader. The results from our project will give insight into the genomic basis of adaptation in successful invasive species.

Scope of work:

The PhD student will be involved in a project described above, her/his specific responsibilities will be

1. Fieldwork - The coordination of sample collection and collaboration with hunters in Poland, Czech Republic and Germany.

2. Lab work

  • DNA extraction from various sample types (tissue, smears) for genomic analysis and metabarcoding
  • Preparation of genomic libraries for RAD-seq experiment, sequencing of libraries
  • Preparation of amplicon libraries for pathogen metabarcoding and library sequencing.


3. Data analysis (using R and Linux/Unix environment)

  • Participation in sequencing data filtering and SNP calling and analysis of SNP diversity. Comparing genomic diversity of native and invasive raccoon populations and searching for genomic signatures of selection and population structure.

The aim of this task is to characterise variation in a large number of SNPs randomly scattered through the genome. Rad-seq methods have the ability to detect loci under selection in genome scans, given the density of markers and the extent of linkage disequilibrium (LD). Random location of Rad-seq SNPs both in coding and noncoding regions will also enable understanding of population structure and demography, assessing population subdivision, migration rates and routes or population size changes through time.   

  • Metabarcoding data analysis.

Comparing the pathogen pressure between the invasive and native populations. We will test for bacterial, micro-eukaryotic and helminth composition.

Candidates should have a background in ecology, evolution, genetics and/or bioinformatics and be an independent learner. Familiarity with R, Linux/Unix, computing clusters, and the use of bioinformatic tools would be advantageous. A driving license is also a plus.

The application should include:

1) A scan of MSc diploma in biology, biotechnology or other relevant;

2) A reference letter from recognized scientist who have a first-hand knowledge of the applicant’s skills and past research experience.

3) A Curriculum Vitae (maximum 2 pages) including information on relevant academic achievements, publications, awards, and relevant experience and training. This document should also include identification information (PESEL number for candidates from Poland, or passport number for candidates from abroad);

4) A motivation letter (maximum 2 pages), explaining how the applicant’s background and research interests make them a suitable candidate for the position;

5) A short description of studies included in the master thesis (maximum 1 page) and a thesis pdf version.

Interested applicants should contact dr Aleksandra Biedrzycka biedrzycka@iopkrakow.pl.

piątek, 19 marca 2021

Post-doc, adunkt, asystent - stanowiska naukowe w MiIZ PAN (Gdańsk)


Konkurs na stanowisko naukowe w Muzeum i Instytucie Zoologii PAN

Poszukujemy pracownika naukowego na stanowisko adiunkta lub asystenta (zależnie od kwalifikacji) w grupie badawczej Dr Małgorzaty Pilot w Muzeum i Instytucie Zoologii PAN. Grupa ta zajmuje się genomiką ewolucyjną ssaków, a ogłaszane stanowisko dotyczy pracy nad genomiką psowatych. Tematyka badawcza obejmuje między innymi: historię ewolucyjną eurazjatyckich gatunków z rodzaju Canis, przyczyny i skutki hybrydyzacji między przedstawicielami rodzaju Canis oraz ewolucję cech behawioralnych u Canis spp. 

Okres zatrudnienia na tym stanowisku to 2 lata i 4 miesiace, od kwietnia 2021 r. do lipca 2023 r. Okres zatrudnienia może zostać przedłużony w przypadku zdobycia przez grupę funduszy umożliwiających zatrudnienie pracowników. Siedzibą grupy jest Stacja Ornitologiczna Muzeum i Instytutu Zoologii PAN w Gdańsku. Grupa utrzymuje silny związek z główną siedzibą MIZ PAN w Warszawie.

Opis zadań i obowiązków

Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie prowadzić analizy danych genetycznych i przygotowywać artykuły do publikacji, a także będzie uczestniczyć w opiece nad doktorantami i wykonywać zadania administracyjne związane z realizacją projektów badawczych. Zaleznie od doświadczenia wybranego kandydata, zadania mogą również obejmować pracę laboratoryjną. Praca na tym stanowisku będzie wymagała poznawania i opracowywania nowych metod analizy danych, dlatego konieczna jest silna motywacja do rozwoju naukowego. Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie uczestniczyła w przygotowywaniu wniosków grantowych składanych przez grupę i otrzyma wsparcie w pracy nad własnymi wnioskami o granty i stypendia dla naukowców na wczesnych etapach kariery. Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie zatem miała możliwość rozwijania nowych kierunków badań w obrębie tematyki badawczej grupy.

Wymagania

Wymagane jest doświadczenie w badaniach z dziedziny genomiki ewolucyjnej i/lub bioinformatyki. Kandydaci na to stanowisko powinni posiadać stopień doktora w dziedzinie odpowiadającej tematyce badań, lub posiadać tytuł magistra i wykazać zdolność do niezależnej pracy badawczej. Idealny kandydat powinien spełniać następujące wymagania:
1. Dobra znajomość środowiska Linux/Unix;
2. Doświadczenie w analizach sekwencji DNA;
3. Doświadczenie w analizach populacyjno-genetycznych;
4. Zdolność do samodzielnej pracy i do współpracy z multidyscyplinarym zespołem;
5. Umiejętność samodzielnego przygotowywania artykułów naukowych, udokumentowana przez opublikowanie jako pierwszy autor co najmniej jednego artykułu opisującego wyniki badań naukowych (który zostanie oceniony w trakcie procesu rekrutacji);
6. Bardzo dobra znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie.

Dodatkowe mile widziane umiejętności:
1. Doświadczenie w analizie danych z NGS, w tym w analizie całych genomów;
2. Znajomość co najmniej jednego języka programowania (np. Python, Perl, Unix Shell scripts);
3. Doświadczenie w metodach pracy laboratoryjnej w eksperymentalnej genetyce i genomice populacji;
4. Doświadczenie w pracy laboratoryjnej związanej z sekwencjonowaniem nowej generacji (NGS);

Badania naukowe w MIZ PAN

Badania w MIZ obejmują szerokie sprektum zagadnień z dziedziny zoologii, w tym systematykę, biogeografię, biologię ewolucyjną, ekologię i genetykę populacji. Grupa Małgorzaty Pilot należy do Pracowni Technik Molekularnych i Biometrycznych kierowanej przez Profesora Wiesława Bogdanowicza, która grupuje naukowców zajmujących się genetyką populacji, filogeografią i genomiką ewolucyjną szerokiego spektrum gatunków zwierząt. Laboratoria MIZ są wyposażone w nowoczesny sprzęt do sekwencjonowania nowej generacji, w tym sekwenatory Pacific Biosciences RSII Illumina MiSeq System. W nowoczesnym laboratorium antycznego DNA prowadzone są prace nad paleogenetyką ssaków. Kolekcja zoologiczna Muzeum jest jedną z największych i najcenniejszych w Europie.

Warunki zatrudnienia
Okres zatrudnienia: 28 miesięcy, z 3-mięsiecznym okresem próbnym. Termin rozpoczęcia pracy: 12 kwietnia 2021 lub jak najszybciej po tym terminie. Pensja jest fundowana przez Narodową Agencję Wymiany Akademickiej (NAWA).

Dokumenty wymagane we wniosku
1. Kopia dyplomu doktorskiego,
2. Curriculum vitae wraz z listą publikacji oraz z dołączonym na końcu podpisanym oświadczeniem: „Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych przez Muzeum i Instytut Zoologii Polskiej Akademii Nauk dla potrzeb niezbędnych do realizacji procesu rekrutacji zgodnie z Rozporządzeniem Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE (RODO). Wyrażam również zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych przez Muzeum i Instytut Zoologii Polskiej Akademii Nauk na potrzeby przyszłych rekrutacji”.
Aplikacje, które nie zawierają tego oświadczenia, nie będą rozpatrywane.
3. List motywacyjny w języku angielskim (nie więcej niż jedna strona A4);
4. Kopia jednej publikacji do oceny w procesie rekrutacji;
5. Dane kontaktowe do dwóch osób, które można poprosić o opinie o kandydacie.

Dokumenty te powinny zostać wysłane do Małgorzaty Pilot mpilot@miiz.waw.pl nie później niż 1 kwietnia 2021 r. w wiadomości zatytułowanej “Application for a postdoctoral position in canid genomics”. Pytania dotyczące tego stanowiska mogą być kierowane do Małgorzaty Pilot.

Rozmowy kwalifikacyjne wybranych kandydatów odbędą się między 6 a 7 kwietnia przez Skype. Konkurs zostanie rozstrzygnięty najpóźniej 9 kwietnia 2021.

 

Konkurs na stanowisko post-doc w Muzeum i Instytucie Zoologii PAN

Poszukujemy pracownika naukowego specjalizującego się w modelowaniu ekologicznym przy użyciu GIS na stanowisko typu post-doc w grupie badawczej dr hab. Małgorzaty Pilot w Muzeum i Instytucie Zoologii PAN. Grupa prowadzi badania procesów mikroewolucyjnych w populacjach ssaków z zastosowaniem metod genetycznych i ekologicznych. Osoba zatrudniona na ogłaszanym stanowisku będzie odpowiedzialna za budowanie modeli ekologicznych w projekcie dotyczącym ewolucyjnych konsekwencji interakcji między wilkami, szakalami złocistymi a psami domowymi w Eurazji. Okres zatrudnienia na tym stanowisku to trzy lata, od lipca 2021. Siedzibą grupy badawczej jest Stacja Ornitologiczna Muzeum i Instytutu Zoologii PAN w Gdańsku.

Opis zadań i obowiązków
Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie prowadzić pracę obejmujące analizę danych środowiskowych przy użyciu GIS i modelowanie wpływu czynników środowiskowych na procesy mikroewolucyjne w populacjach wilków, szakali złocistych i wolno-żyjących psów, a także będzie brać udział w opiece nad doktorantami i wykonywaniu zadań administracyjnych związanych z realizacją projektów badawczych. Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie uczestniczyła w przygotowywaniu wniosków grantowych składanych przez grupę i otrzyma wsparcie w pracy nad własnymi wnioskami o granty i stypendia dla naukowców na wczesnych etapach kariery. Osoba zatrudniona na tym stanowisku będzie zatem miała możliwość rozwijania nowych kierunków badań w obrębie tematyki badawczej grupy.

Wymagania
Kandydaci na to stanowisko powinni posiadać stopień doktora nauk biologicznych, nauk o środowisku lub pokrewnej dyscypliny, oraz doświadczenie w modelowaniu ekologicznym przy użyciu GIS. W terminie rozpoczęcia pracy przez osobę wybraną na to stanowisko powinno upłynąć nie więcej niż 7 lat od uzyskania przez nią stopnia doktora; w ten okres nie wliczają się urlopy macierzyńskie i przerwy w pracy ze względu na stan zdrowia. Będą również brani pod uwagę kandydaci nie posiadający jeszcze stopnia doktora, lecz mający wyznaczony termin obrony rozprawy doktorskiej. Posiadanie stopnia doktora jest jednak koniecznym warunkiem rozpoczęcia pracy.

Idealny kandydat powinien spełniać następujące wymagania:
1. Bardzo dobra znajomość modelowania ekologicznego przy użyciu GIS;
2. Zdolność do samodzielnej pracy naukowej i do efektywnej komunikacji z interdyscyplinarnym zespołem badawczym;
3. Doświadczenie w przygotowywaniu publikacji naukowych, potwierdzone przez co najmniej jedna publikacje naukowa jako pierwszy autor (która zostanie oceniona w trakcie procesu rekrutacji);
4. Biegła znajomość języka angielskiego.


Dodatkowe, mile widziane umiejętności:
1. Znajomość genetyki populacji, w szczególności genetyki krajobrazu;
2. Doświadczenie w analizach statystycznych danych biologicznych lub środowiskowych;
3. Znajomość języka programowania (np. R, Python);
4. Doświadczenie pracy w interdyscyplinarnym zespole.


Badania naukowe w MIZ PAN
Badania w MIZ obejmują szerokie spektrum zagadnień z dziedziny zoologii, w tym systematykę, biogeografię, biologię ewolucyjną, ekologię i genetykę populacji. Grupa Dr Małgorzaty Pilot należy do Pracowni Technik Molekularnych i Biometrycznych kierowanej przez Profesora Wiesława Bogdanowicza, która grupuje naukowców zajmujących się genetyką populacji, filogeografią i genomiką ewolucyjną szerokiego spektrum gatunków zwierząt. Laboratoria MIZ są wyposażone w nowoczesny sprzęt do sekwencjonowania nowej generacji, w tym sekwenatory Pacific Biosciences RSII Illumina MiSeq System. W nowoczesnym laboratorium antycznego DNA prowadzone są prace nad paleogenetyką ssaków. Kolekcja zoologiczna Muzeum jest jedną z największych i najcenniejszych w Europie.

Warunki zatrudnienia
Okres zatrudnienia: 36 miesięcy, z 3-miesiecznym okresem próbnym. Termin rozpoczęcia pracy: 1 lipca 2021. Pensja jest fundowana przez Narodowe Centrum Nauki.

Dokumenty wymagane we wniosku
1. Kopia dyplomu doktorskiego lub dokument potwierdzający uczestnictwo w szkole doktorskiej oraz podający spodziewaną datę przyznania stopnia doktora.
2. Curriculum vitae wraz z listą publikacji oraz z dołączonym na końcu podpisanym oświadczeniem:

„Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych przez Muzeum i Instytut Zoologii Polskiej Akademii Nauk dla potrzeb niezbędnych do realizacji procesu rekrutacji zgodnie z Rozporządzeniem Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE (RODO). Wyrażam również zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych przez Muzeum i Instytut Zoologii Polskiej Akademii Nauk na potrzeby przyszłych rekrutacji”
Aplikacje, które nie zawierają tego oświadczenia, nie będą rozpatrywane.

3. List motywacyjny w języku angielskim (nie więcej niż jedna strona A4)
4. Kopia jednej publikacji naukowej do oceny podczas procesu rekrutacji
5. Dane kontaktowe dwóch osób, z którymi można się skontaktować w celu uzyskania opinii o kandydacie.

Dokumenty te należy przesłać do Małgorzaty Pilot mpilot@miiz.waw.pl nie później niż 31 marca 2021 w wiadomości zatytułowanej “Application for a postdoctoral position in ecological modelling”. Pytania dotyczące tego stanowiska mogą być kierowane do Małgorzaty Pilot.

Wybrani kandydaci zostaną zaproszeni na rozmowę kwalifikacyjną, która zostanie przeprowadzona w kwietniu za pośrednictwem Skype'a.

piątek, 5 marca 2021

Post-doc position




 

The Recruitment Committee appointed by the Director of the Institute of Nature Conservation PAS in Krakow announces an open competition for the post-doc position in the project 2019/34/H/NZ8/00683: The ecology of ponds in the context of human activity and geography – environmental DNA and beyond funded from the Norway grants under the Norwegian Financial Mechanism 2014-2021 (GRIEG call within the Basic Research Programme operated by National Science Centre in Poland):

 In: Institute of Nature Conservation, Polish Academy of Sciences, Krakow, Poland

 Principal investigator: Dr hab. inż. Szymon Śniegula, http://www.iop.krakow.pl/pracownicy,102,szymon_sniegula.html

 Research description:

Cities as ‘heat islands’ are often hot spots for alien invasive species that can drastically alter population dynamics of native species. In addition, natural stressors such as seasonal time and thermal constraints at high latitudes can strongly affect organism fitness. The aim of the project is to understand how anthropogenic and natural stressors: urbanization, native and invasive alien predators, and latitudinal gradient affect traits linked to fitness down to gene expression level in a common bluetail damselfly.

 Requirements:

·         PhD in biology, ecology or related field (PhD defence not earlier than 7 years before the year of employment in the project)

·         Experience in field and laboratory work on aquatic/semi-aquatic vertebrates and/or invertebrates (preferably amphibians)

·         An experience in using molecular methods to address ecological or evolutionary questions, with an appropriate publication track record

·         Good working knowledge of R environment, including advanced skills in statistical modelling

·         Working knowledge of standard bioinformatics tools in the Linux environment

·         Publication record including articles in leading ecological and evolutionary journals

·         Involvement in work during irregular working hours (during field work)

·         Strong motivation for work in the project

·         Fluency in English, written and spoken

·         Valid driving license

·         Experience in and enthusiasm for working in an international team would be an asset

 Responsibilities and job description:

·         Preparing field equipment and laboratory installations for experiments

·         Invertebrate (e.g. damselfly, crayfish) and vertebrate (e.g. fish, amphibians) field sampling for experiments, both in Poland and abroad

·         Rearing experiment in climate chambers

·         Measurements of life history traits

·         Bioinformatics and statistical analysis of RNAseq data for estimation and comparison of gene expression level

·         Attendance in national and international conferences/workshops

·         Participation in supervising MSc and PhD students

·         Running statistical analyses and writing manuscripts of scientific publications.

 Conditions of employment:

·         Contract of employment: full time for up to 24 months, the contract is renewed each year

·         Starting date of employment: 1 April 2021

·         Salary: monthly gross salary 8 300 PLN

 

This is an open call. The recruitment procedure will be conducted in accordance with the NCN regulations: link

 Forms for submitting applications: via email with attached documents (file format: PDF); in the title of email please enter: ‘post-doc’ and your surname.

 Required documents (combined in one PDF file):

·         Cover letter

·         Scientific curriculum vitae (including a list of publications)

·         Scan of Doctorate diploma

·         Contact details of two academics who can provide a reference.

Information on personal data processing is available: here

Applications should be sent via email to: Dr hab. inż. Szymon Śniegula, ecopond@iop.krakow.pl

Selected candidates will be invited for an interview.

Deadline for submitting applications: 15th March 2021

Each candidate will be informed about the results of the call as soon as it is settled.