niedziela, 26 marca 2017

Czy Anna O. Szust jest problemem?

Wrocławsko-poznańska ekipa naukowców przeprowadziła ciekawy i bardzo oryginalny eksperyment, który opublikowała w Nature: stworzyli fikcyjną badaczkę, Annę O. Szust, która próbowała dostać się (wysyłając maila z ofertą współpracy) do redakcji 360 czasopism. Uwzględniono tu 3 rodzaje czasopism:
* 120 posiadających wskaźnik IF,
* 120 z bazy Directory of Open Access Journals (jak rozumiem bez IF)
* 120 z grupy tzw. predatory journals
Żadne z czasopism posiadających IF nie odpowiedziało pozytywnie na maila, kilkadziesiąt pozytywnych odpowiedzi fikcyjna badaczka otrzymała od czasopism z ostatniej grupy, kilka z drugiej grupy. W kilku przypadkach została mianowana na stanowisko redaktora naczelnego. Tutaj jest więcej o samym eksperymencie i jego wynikach:

Tyle streszczenia, a teraz interpretacja z mojej strony, bo to bardzo ciekawy temat - kilka punktów w kolejności losowej:

1. 
Eksperyment pokazał, że lista JCR jest wskaźnikiem jakości - żadna redakcja spośród 120 posiadających IF nie przyjęła tej badaczki. Znając pracę redakcji czasopism od podszewki przypuszczam, że w wielu redakcjach tych 120 czasopism przydałaby się  merytoryczna osoba do pomocy (bo w redakcji jest zawsze dużo pracy) - mimo to nikt nie zaryzykował podjęcia współpracy. Więc te badania to kolejny argument, że Impact Factor jest wskaźnikiem jakości - niedoskonałym, ale nie ma nic lepszego. Spójrzcie z perspektywy Anny O. Szust - myślicie, że ona chciałaby "kultu IF", czy też przyłączyłaby się do chóru jego przeciwników?

2. 
Dla nas lekcja jest taka: nie powinniśmy w ogóle uwzględniać żadnej listy B, C, D... w naukach biologicznych. Jak ktoś chce, to niech publikuje w Gościu Niedzielnym albo Wyborczej - jego sprawa. Po prostu tej części aktywności, podobnie jak spaceru z psem albo pastowania butów, nie zaliczamy do działalności naukowej. Będzie prościej (odpadnie część sprawozdawczości) i lepiej (odpadnie sklejanie punkcików z wielu niskiej jakości czasopism). Eksperyment wrocławsko-poznański pokazuje, kto w tych czasopismach może pilnować jakości...

3. 
Istnienie nieuczciwych periodyków jest zjawiskiem naturalnym i - paradoksalnie - pozytywnym. Powstawanie takich czasopism-oszustów pokazuje, że istnieje silna presja na naukowców, żeby publikowali. I tak być powinno! Wobec tego, ci którzy nie potrafią/nie chce im się/nie mają talentu, szukają innych miejsc niż lista JCR, próbują obejść dobrze na ogół działający system kontroli jakości, są gotowi płacić by publikować w słabych czasopismach, bo nikt nie chce ich prac w tych dobrych i - najczęściej - bezpłatnych. Więc istnienie tych czasopism-drapieżników pokazuje, że system działa, że granica jest szczelna, a miernoty kłębią się dociskane do tej granicy przez wymagania pracodawcy i szukają drogi wyjścia. Gdyby takich czasopism nie było, albo gdyby nagle zniknęły, powinniśmy się zacząć martwić. A skoro są, to jest dobrze.

4.
W eksperymencie przewija się kwestia Open Access. Wydaje mi się zasadne podsumowanie, że OA nie gwarantuje niczego w kwestii jakości (podobnie jak w kwestii cytowalności), natomiast może napędzać autorów czasopismom o wątpliwej jakości i z pewnością transferuje dużą forsę z budżetu do wydawców. Jak dla mnie kolejny powód, by na modę OA spoglądać z rezerwą. 

5.
Uwaga nieco bardziej z perspektywy wolnościowej: nic z tym zjawiskiem nie trzeba robić. Funkcjonowanie słabej jakości czasopism nie jest żadnym problemem i nie wymaga ingerencji. Podobnie jak funkcjonowanie słabej jakości uczelni. Jeśli będziemy mieć system naukowy, w którym wygrywa jakość (moje hasło: płacimy za efekty), to nie musimy się zajmować żadnym uzgadnianiem stopni, żadną akredytacją, nie musimy tworzyć rządowych agencji weryfikujących jakość nauczania itp. Co z tego, że gdzieś w Indiach czy Brazylii istnieją takie czasopisma? Jeśli ktoś chce w nich publikować, proszę bardzo. Jeśli ktoś chce, to może swoje przemyślenia drukować i kserować - z kserokopiarkami też będziemy walczyć? Jasne i ostre kryteria awansu naukowego i płacenie ludziom za efekty likwiduje potencjalne zagrożenie. Więc konkluzja taka jak zawsze: musimy rozliczać efekt, a nie regulować zasady osiągania efektu.

6. 
Jeszcze jedna rzecz: w nauce jakość utrzymuje się samoistnie, a często wbrew ingerencji ze strony państwa. Widzę to tak: redaktorzy czasopism, recenzenci i autorzy sami dbają o jakość nauki, sami stworzyli zewnętrzny i międzynarodowy system oceny (ISI, Scopus, H, IF, cytowania, i inne), sami eliminują słabych zawodników (recenzje). Natomiast największym zagrożeniem dla nauki jest ingerencja polityczno-państwowa. W Polsce to rząd utrzymuje na etatach tysiące O.Szustów, którzy na wolnym rynku naukowym nie mogą się przebić, ale mając umowę bezterminową, zagwarantowany pokój i komputer, oraz pieniądze z budżetu na Open Access w słabych czasopismach, nadal jakoś w systemie funkcjonują i napędzają inflację nauki. Płaćmy za efekty, a O.Szuści sami znikną.

Michał Żmihorski

niedziela, 19 marca 2017

o NCBiR

Przedwczoraj prof Stanisław Karpiński z SGGW na swoim profilu na facebooku zamieścił następujący komunikat, który przeklejam w całości bez komentarza (szczęśliwie się składa, że nie mam żadnych doświadczeń z NCBiR) - może komuś się przyda, takie inicjatywy zawsze warto wspierać:

"Dziś razem z moim przyjacielem Prof. Janem Piekarczykiem z UAM z Wydz Geografii i Geofizyki wygraliśmy w WSA w Warszawie sprawę przeciw NCBiR o nie przyznanie projektu z działania 4.1.2.2. Sad zmiażdżył argumentacje NCBiR, ze nasz projekt nie spełnił kryteriów regulaminu konkursu. Orzekł, że regulamin konkursu jest niejasny, i niezgodny z prawem nadrzędnym. Nakazał NCBiR ponowne rozpatrzenie naszego wniosku a to w praktyce oznacza przyznanie finansowania. Wyrok jest prawomocny! Kolejny projekt trafi do mojej wspaniałej grupy!

Sytuacja NCBiR po rozstrzygnięciu innego konkursu - Biostratega III jest moim zdaniem nie do pozazdroszczenia. Spośród 16 projektów rekomendowanych do finansowania po rozstrzygnięciu konkursu Biostrateg III, aż 12 projektów zostało przyznanych podmiotom w których na etatach zatrudnionych jest 3 członków Komitetu Sterującego programem Biostrateg (całość programu to ponad 400 mln zł), w tym 6 projektów przyznano do Instytutu Uprawy, Nawożenia i Gleboznawstwa - Państwowego Instytutu Badawczego.

Proszę wszystkich liderów wniosków złożonych w konkursie Biostrateg 3 (po otrzymaniu oficjalnych decyzji z NCBiR), których wnioski zostały odrzucone o kontakt ze mną, w celu udzielenia instrukcji jak mają przygotować wnioski odwoławcze."

Michał Żmihorski

niedziela, 5 marca 2017

Uniwersytet PAN

 
W Ministerstwie Nauki powstał pomysł, który spotkał się z pozytywnym przyjęciem we władzach Akademii, by z jednostek PAN stworzyć uniwersytet. Pracę nad ogólną koncepcją są podobno "średnio zaawansowane" a prezes Duszyński ocenia, że szczegółowa koncepcja powstanie do końca roku. 

Skąd ten pomysł? Ten tekst nieco tę kwestię wyjaśnia:

...inicjatywa ta ma mieć charakter wizerunkowy. - Wszyscy jesteśmy świadomi, że jeśli chodzi o rankingi międzynarodowe, polskie uczelnie znajdują się na dalekiej pozycji[...] Rankingi [...] nie są przychylne polskiej nauce. [...] Nowa placówka ma przynajmniej częściowo rozładować ten problem, a na dodatek uruchomić dodatkowy potencjał, jaki drzemie w PAN. Na uniwersytet złoży się pięćdziesiąt najsprawniejszych instytutów Akademii z Wydziałów: Nauk Humanistycznych i Społecznych, Biologicznych i Rolniczych, Ścisłych i Nauk o Ziemi, Technicznych i Medycznych. [...] Nad kształtem nowego uniwersytetu pracuje zespół złożony z dziesięciu dyrektorów instytutów PAN.

więcej tutaj: 

oraz tutaj:

 Mój komentarz, kilka punktów:
1. Ogólnie sam pomysł uważam za bardzo dobry. O ile często jestem sceptyczny wobec różnych form reformowania PAN i nauki w Polsce w ogóle (co najczęściej sprowadza się do powoływania nowych komitetów, które wołają o pieniądze), to ten pomysł stwarza przynajmniej dwie okoliczności do poprawy sytuacji. 
1A. Po pierwsze i najważniejsze - jeśli powstaje coś nowego, to jest okazja do oczyszczenia kadrowego. Władze PAN, zarówno na szczeblu centralnym jak i w pojedynczych jednostkach, mogą używać tej reorganizacji jako pretekstu do wręczania zwolnień i wymówień dożywotnich umów o pracę wszystkim "pracowitym inaczej". Organizujemy nową strukturę, może zmieni się nazwa jednostek, może będą nowe budynki, itp - niekoniecznie musi się w nich znaleźć miejsce dla "pani Halinki" która od 30 lat popija kawę... Jeśli będzie taka wola polityczna we władzach PAN, to tej okazji nie powinny zmarnować. Zwracam uwagę, że po cięciach kadrowych łatwiej będzie znaleźć finanse na tę inicjatywę. 
1B. Kontakt ze studentami, to jest coś, czego w PAN obecnie brakuje. Teoretycznie miał to być zbiór jednostek ściśle naukowych, bez dydaktyki, ale ten model - moim zdaniem - się nie sprawdził. W większości przypadków skończyło się na totalnym skostnieniu i w większości jednostek czas się zatrzymał kilkadziesiąt lat temu. Wierzę, że trochę młodych osób zadających pytania i wymagających uwagi, może w ten muzealny zaduch wpuścić nieco świeżości. Szczególnie, jeśli zasady finansowania nie będą promowały ilości studentów, tylko jakość studiów. 

2. Myślę, że poprawianie pozycji w rankingu, postawione jako cel powoływania tej uczelni, to grube nieporozumienie. Zadajmy sobie pytanie: czy uniwersytety powstały i funkcjonują po to, żeby zajmować dobre miejsce w rankingach? Myślę że to istotne, by jasno powiedzieć, że powołujemy nową uczelnię w celu poprawy jakości kształcenia i doskonalenia naukowego, a nie dla prestiżu! Prestiż jest skutkiem ubocznym, a ktoś zabiegający o prestiż z definicji nie może go osiągnąć. Wiem, że to jedynie kwestia przedstawienia całej inicjatywy, ale moim zdaniem ważna. Zerwijmy z kompleksami i róbmy dobrą naukę, a postrzeganie nas przez innych z pewnością się poprawi.

3. Widzę tu poważne zagrożenie przerostu formy nad treścią - już zaczynamy dyskusję od finansów, nowych budynków, adaptacji istniejących, budżetu itp. Myślę, że to jest najpoważniejsze zagrożenie dla tej inicjatywy - oczyma wyobraźni już widzę nowe, urządzane z przepychem i w złym guście, gabinety dyrektorów/dziekanów/kierowników i ich nieuprzejme sekretarki, oznajmiające że profesor teraz nie ma czasu. Znowu zaczynamy od formy i narzędzi, a nie od treści i koncepcji (przynajmniej takie odnoszę wrażenie czytając doniesienia prasowe). Nie będę udawał, że mam gotowy przepis na tę inicjatywę, ale przypomnę jedno: w ostatnich latach wybudowaliśmy od jasnej cholery (określenie brzydkie, ale idealnie oddające skalę zjawiska) nowych budynków, szklanych domów po lasach, sal wykładowych i wielopiętrowych laboratoriów, które stoją puste... Wykorzystajmy to, dogadajmy się z Wyższą Szkołą Łowiectwa i Kosmetologii, która dostała z UE 60 milionów na nowy kampus, zamiast budować kolejne gmachy!

4. Jak czytamy, inicjatywą kierują dyrektorzy instytutów... Przepraszam, ale nie mogę się powstrzymać by nie przytoczyć tu sformułowania Stefana Kisielewskiego o "domaganiu się wyłączności do naprawiania zegarka przez tego, kto go zepsuł"... Albo inna metafora - jeśli chcemy zrobić odrzutowiec, nie możemy zatrudniać ludzi całe życie pracujących nad samolotami śmigłowymi, bo oni już z tych śmigieł się nie wyleczą... Rozumiem, że potrzebujemy ludzi z doświadczeniem, bardzo fajnie, że dyrektorzy włączają się w tę inicjatywę, ale jeśli ma się coś zmienić, to należy zacząć zmianę od kadr. Zaznaczam, że opieram się na zdawkowych komunikatach prasowych - być może moja krytyka jest przesadzona, ale nauczony doświadczeniem, krytykuję nieco na zapas.

Tak czy inaczej, cała inicjatywa jest ciekawa i trzymam za nią kciuki. 
Michał Żmihorski

środa, 1 marca 2017

Kolejny front ministra Gowina

Powstaje kolejna rządowa agencja (z budżetem 180-250mln) mająca nam pomóc w rozwoju naukowym. Tym razem walka odbywać się będzie na froncie umiędzynarodawiania - żeby polskie uniwersytety były lepsze muszą uczestniczyć w wymianie studentów, nie możemy zamykać się w naszym własnym środowisku. Jest to oczywiście stwierdzenie prawdziwe, ale sposób dążenia do tego celu jest "tradycyjnie zły", podobnie jak wiele innych inicjatyw tego (tego to może akurat najmniej) i poprzednich ministrów. Odbywa się on według starego schematu: nie stymulujemy potrzeby umiędzynaradawiania, lecz nakazujemy określone jego objawy. By ująć rzecz przenośnią: nie promujemy ludzi oczytanych, lecz wprowadzamy nakaz kupowania książek. Nie oddziałujemy na źródło problemu, lecz walczymy z objawami choroby. Tak samo jest w walce z wieloetatowością, w walce ze słabymi uczelniami, itd., itd. i piszę o tym tutaj od dawna. 

W szerszym kontekście jest to objaw chorobliwej wręcz wiary w moc słowa pisanego. Skoro minister powoła agencję, która w statucie będzie miała zapis o "wspieraniu uczelni" to z pewnością będzie wspierać uczelnie - przecież tak jest napisane, popatrzcie na statut! Przykre jest, że wiele osób również z naszego środowiska szczerze wierzy, że efekty tych działań będą faktycznie zgodne z deklarowanymi. Przypomnijmy sobie jednak ile już takich agencji powstało? A jak wypadliśmy w ostatnim rankingu międzynarodowym? Znowu spadek o kilkadziesiąt miejsc w dół... Może zatem powołać agencję ds rankingów, która będzie wspierać i doradzać uczelniom, organizować szkolenia...?

PAP podaje, że Narodowa Agencja Wymiany Akademickiej – wyspecjalizowana agencja rządowa - ma zacząć działać od 1 stycznia 2018 r. Do jej zadań będzie należeć m.in. wspieranie uczelni w działaniach na rzecz umiędzynarodowienia 

oraz

"Bardzo chciałbym, aby agencja stała się instrumentem odwrócenia drenażu mózgów poprzez ściągniecie do Polski jak najwięcej spośród 35 tys. polskich naukowców pracujących poza granicami kraju i jak najliczniejszej liczby naukowców z zagranicy" zadeklarował szef resortu nauki.


Jeśli minister Gowin na serio traktuje swoje deklaracje o umiędzynarodawianiu i ściąganiu ludzi z zagranicy, to bardzo wątpię, by zatrudnianie kolejnych urzędników i wydawanie na nich pieniędzy budżetowych (a więc pogłębianie zadłużenia państwa, bo budżet jest mocno deficytowy) cokolwiek w tej sprawie poprawiło. Głównym problemem jest stara i niekompetentna kadra uniwersytetów i PANu, która trzyma się kurczowo swoich stołków (tym mocniej się trzyma, im mniejsze ma osiągnięcia naukowe) i decyduje o finansach i działaniu uczelni. Efektem rządów starej kadry jest też rozrost biurokracji i wszechwładza personelu technicznego. Przez to nie ma miejsca na powroty z zagranicy, a już z pewnością nie ma miejsca na normalne robienie nauki, jeśli ktoś nierozważnie zdecydowałby się na taki powrót. Jeśli minister Gowin chce pomóc powracającym, to niech pomoże we wprowadzaniu uczciwych konkursów i niech przeforsuje coroczną, twardą i obiektywną ocenę pracowników naukowych w całej Polsce, z surowymi konsekwencjami dla leniwych. Po prostu niech płaci za efekty, wtedy środowisko samo się oczyści z osób, które nic nie robią. Ale tego nie zrobi, bo - moim zdaniem - opór środowiska akademickiego (a więc tych wszystkich przyspawanych do stołków, głównych beneficjentów systemu) zmiótłby go z ministerialnego stanowiska. Więc zamiast tego powołuje agencje.

Michał Żmihorski

czwartek, 23 lutego 2017

niedziela, 5 lutego 2017

Narzędzia statystyczne nie są łatwe, są jedynie łatwodostępne

Dostępność i nieograniczony niemal rozwój programu R spowodowały, że wiele osób dziś używa statystyki w badaniach biologicznych. Choć nie jestem bardzo stary pamiętam dobrze czasy gdy liczyłem test studenta albo chi-kwadraty na kartce, ołówkiem! Potem robiłem to w excelu. Jest to niby dobra szkoła, ale przede wszystkim okropna strata czasu. Więc rozpowszechnienie statystyki jest niewątpliwie zmianą na plus, bo mamy praktycznie nieograniczone narzędzia i to za darmo. W rezultacie, zamiast opisów prozą i wielokrotnie powtarzanych pojedynczych testów mamy dziś w pracach bardziej złożone modele, które informują nas precyzyjniej i wiarygodniej o stanie rzeczywistym. Ale równocześnie dostępność tych narzędzi niesie pewne zagrożenia i o tym jest ten post. 

Od dawna staram się w miarę swoich możliwości merytorycznych i czasowych pomagać osobom, które zgłaszają się do mnie z problemami statystycznymi - w folderze "dla innych" mam obecnie 37 folderów plus trochę szwedzkich, a dla znacznej części przypadków nie zakładam folderu w ogóle (żeby była jasność: to są przypadki w których pomagam bez żadnych wynagrodzeń ani współautorstwa ewentualnych późniejszych publikacji - chociaż raz dostałem rosyjski koniak, a raz czekoladę!). Mnie też kiedyś pomagano, więc uważam że tak należy robić. Ale dzięki temu mam pewien przegląd podejść do statystyki, jakie mają ludzie początkujący w tej dziedzinie i muszę przyznać, że trochę mnie to zaczyna niepokoić. O co chodzi:

Dziś każdy może znaleźć w necie dowolny kod z Ra i zastosować go do swoich danych. Ludzie coraz częściej robią tak bez - takie odnoszę wrażenie - jakiegokolwiek zrozumienia działania danej komendy, testu, modelu, jego założeń, wymagań odnośnie danych i w ogóle logiki jego stosowania. Wystarczy zamienić nazwy obiektów na te z naszej bazy i jedziemy! Wyniki jakieś dostajemy, gwiazdki pomagają nam znaleźć prawdopodobieństwo, więc wklejamy je do publikacji/magisterki/doktoratu i gotowe. Recenzent, wobec zaawansowanego modelu o trudnej nazwie, może nie czuć się na siłach by go szczegółowo sprawdzać i dopytywać - widocznie autorzy wiedzą co robią, skoro potrafią używać tak zaawansowanych metod... Nie dotyczy to jedynie nauki, ale też różnych programów monitoringowych - tutaj często bywa jeszcze gorzej, bo zamawiający nie ma najczęściej pojęcia o analizie danych, a słowo "statystyka" kojarzy mu się z GUSem. Widziałem już takie statystyczne cuda, że łapałem się za głowę, jak można było coś takiego zrobić - ewidentnie autorzy nie mieli pojęcia o używaniu tych metod ale z pewnością nie brakowało im fantazji i odwagi. Wrzucanie do modelu równolegle wielu całkowicie uwikłanych zmiennych, cudaczne rozkłady i kosmiczne funkcje wiążące, liczba predyktorów wręcz przewyższająca liczbę obserwacji, do tego interakcje czwartego stopnia, a to wszystko na koniec wrzucone w uśrednianie albo podrasowane jakimiś permutacjami. Jednym słowem, totalnie niewiarygodny bełkot. Coraz częściej też dostaję pytania o stosowanie bardzo zaawansowanych metod (których sam nie znam!) przez osoby, które są kompletnie początkujące. Widzę też, że utrwalają się skrajnie uproszczone schematy i znaczna część ludzi postępuje wg nich, typu "jak jest dużo zer, to zaznacz opcję "zero-inflated" i gotowe". Przypomina mi to trochę podejście części ludzi do genetyki - znałem pewną panią, która chciała wszystko "robić genetycznie". Nie umiała w żaden sposób sprecyzować swojego pomysłu odnośnie sensu ani metodyki, ale chciała bardzo swoje dane "robić genetycznie", bo to teraz modne i takie mądre...

W związku z powyższym mam dwa komunikaty.
 
1. Do początkujących użytkowników narzędzi statystycznych:
Przede wszystkim, powinniście zrozumieć jedną rzecz: umiejętność załadowania danych do Ra i przeklejenia kodu z sieci nie sprawia jeszcze, że potraficie uzyskać wiarygodne wyniki, podobnie jak nie każdy posiadacz ostrego noża może iść operować pacjentów w szpitalu. Głównym problemem w analizach statystycznych jest nie umiejętność zastosowania danego testu, lecz wybór odpowiedniego testu do odpowiedniego problemu i ocena jego wiarygodności, a wcześniej zdefiniowanie samego problemu. Starajcie się raczej zrozumieć ideę stosowania statystyki, i spróbujcie najpierw zastanowić się nad pytaniem badawczym, zamiast okładać bez zastanowienia statystyczną maczugą każde zagadnienie, które zaświta Wam w głowach. Nie naśmiewam się - sam kiedyś byłem na tym etapie, to są ważne wskazówki.
Po drugie, nie każdy ma predyspozycje do opanowania tych wszystkich metod - one nie są proste i intuicyjne, a statystyka nie jest fizyką, gdzie raz ucząc się wzoru na objętość kuli możemy go stosować bez ograniczeń do wszystkich napotkanych kul. Nie, tak nie wygląda statystyka - tu każdy przypadek jest inny i trzeba za każdym razem samemu wydeptać sobie ścieżkę. Żeby to zrobić - trzeba rozumieć problem i rozumieć co te narzędzia robią.
Po trzecie - będąc biologiami szukamy prawdy o funkcjonowaniu świata. Ale nieodpowiednie zastosowanie statystyki oddala nas od tego celu, bo możemy względnie łatwo uzyskać wyniki odwrotne do rzeczywistości. Np. możemy uzyskać informacje, że populacja rośnie, podczas gdy populacja spada. Ten fałszywy wynik jest wizualnie nie do odróżnienia: jest podany czarno na białym, zaznaczony gwiazdkami wskazującymi istotność, tymczasem jest kompletnie nieprawdziwy. Zatem żelazna zasada brzmi: nie używaj jeśli nie rozumiesz jak to działa, a do każdego swojego wyniku podchodź z ograniczonym zaufaniem. W ogóle dobrze jest sprawdzać wyniki różnymi testami, zmieniając parametry modeli i zaczynać od prostych testów i wizualizacji: czy średnie w dwóch grupach rzeczywiście się różnią, czy porangowane nadal się różnią, itd., zanim się zacznie robić modele wieloczynnikowe.

2. Do uczących statystyki, ale też do promotorów, kierowników itp:
Po pierwsze, nie mówcie ludziom, że statystyka jest prosta. Statystyka nie jest prosta. Nie mam do nikogo pretensji, bo samemu zdarza mi się wysyłać taki komunikat, pisząc "przerzuć się na eRa, tam można łatwo to zrobić". Jest to oczywiście grube uproszczenie wprowadzające w błąd: jeśli wiesz co chcesz zrobić, to faktycznie można łatwo to zrobić w R. Ale jeśli nie wiesz, to się musisz nauczyć - tego etapu nie ominiesz. Więc nie wytwarzajcie w odbiorcach brawury i chęci skakania na głęboką wodę. Statystyka nie jest prosta a jej nauka wymaga czasu.
Po drugie, nie pędźcie tak z materiałem. Nikt, nawet uzdolniony, nie nauczy się w kilka dni zaawansowanych modeli, jakichś metod nieliniowych czy wielowymiarowych, jeśli jeszcze wczoraj nie wiedział kto to jest ten eR... Lepiej dobrze pokazać coś prostego, co uczestnik zajęć będzie faktycznie mógł potem stosować z pełną odpowiedzialnością, niż pokazać cały kalejdoskop metod, z których na każdą przypada 30 minut wyjaśnienia i ćwiczeń. Tak myślę.
Po trzecie, nie zachęcajcie zbytnio ludzi do uczenia się statystyki. Jeśli ktoś nie ma talentu, nie lubi, nie chce, i woli specjalizować się w swojej działce, to namawiajcie go do współpracy ze statystykami, zamiast wmawiać mu, że on sam też na pewno da sobie radę ze splinami w winbugsie, bo to nieprawda - nigdy nie da sobie z nimi rady. Lepiej pokazać ludziom znaczenie statystyki, niż dawać im do ręki praktyczne narzędzia w dużych ilościach bez dobrze przyswojonej instrukcji ich użycia. A przynajmniej lepiej zacząć od pokazywania znaczenia - bo jeśli ktoś nie chce statystyki, to najczęściej dlatego, że nie wie co to w ogóle jest.
 
Mam tu na SLU kolegę, dobrego statystyka, który pisze pakiety R, publikuje w Methods Ecol Evol i jest świetny w bayesowskich modelach z klasy N-mixtrue albo Occupancy (nie sądzę by w Polsce jakikolwiek biolog był na takim poziomie). I on jest zawsze bardzo, bardzo sceptyczny i ostrożny, ile razy z nim gadam to on uświadamia mi potencjalne pułapki, wskazuje sytuacje gdy ten czy inny model może dać mniej wiarygodne wyniki i często namawia mnie, żeby lepiej zrezygnować z tej metody zastępując ją czymś prostszym, namawia na symulacje w celu testowania modeli, często mówi, że po prostu nie wie, że ma za mało doświadczenia, itp. Idźmy raczej w tę stronę, bo w przeciwnym razie, za kilka lat wiarygodność polskiej ekologii znacznie spadnie, a w naszym środowisku pojawi się sporo wróżbitów i jasnowidzów przekonanych o swoich umiejętnościach, co gorsza popartych publikacjami.
 
Michał Żmihorski

czwartek, 2 lutego 2017

Two PhD student positions in Ecology

Dostałem prośbę o zamieszczenie tych ogłoszeń. W działce applied ecology w Europie jest niewiele lepszych jednostek - bardzo polecam, również ze względu na osoby kierujące tymi doktoratami. Nie ma info o stypendium i teraz nie mam kogo spytać, ale orientacyjnie jest to pewnie 3-4 razy więcej niż w większości jednostek w Polsce.

Greener infrastructure: Management of linear infrastructure rights-of-way for biodiversity and landscape connectivity. http://www.slu.se/en/education/programmes-courses/postgraduate-studies/new-phd-student/Read-more/?sprak=e&Uid=1141
Effects of wetland restoration on bird diversity - a landscape approach. http://www.slu.se/en/education/programmes-courses/postgraduate-studies/new-phd-student/Read-more/?sprak=e&Uid=1132









Michał Żmihorski

wtorek, 31 stycznia 2017

Polska doskonałość vs skandynawski minimalizm, czyli o ocenie jednostek

Nie czytałem samego artykułu, a jedynie doniesienie z PAP, lecz na jego podstawie wnioski autorów wydają się rozsądne - ograniczenie liczby ocenianych czynników jest na pewno wskazane. Taki czynnik jak "potencjał naukowy" to, powiedziałbym, polska specjalność i znak rozpoznawczy polskiego środowiska naukowego: wprawdzie pani "Basia" niewiele zrobiła przez ostatnie lata, ale ma ogromny potencjał, dlatego dajmy jej habilitację i zatrudnijmy bezterminowo, niech uczy kolejne pokolenia jak skutecznie kumulować potencjał...

Ważne jest również to, co czytamy w ostatnim akapicie: 
W idealnym świecie kierownik jednostki naukowej wie, jak działa system oceny, i jest w stanie przewidzieć finansowe konsekwencje podejmowanych tam działań.
Oczywiście w Polsce tak nie jest, bo zasady są ustalane wstecznie, co nie przestaje mnie zadziwiać, no ale chyba reprezentuję wymierającą mniejszość przyzwyczajoną do tego, że prawo nie działa wstecz.

Inne pytanie, które mnie interesuje jest następujące: na ile środowisko oceniające jednostki chce uproszczeń i transparentnego systemu oceny. Wcale nie jestem pewien, że tak jest, bo gdy przepisów jest dużo i są niejasne, łatwiej podać pomocną dłoń zasłużonemu instytutowi, który przechodzi chwilowe problemy... 

Doniesienie PAP a w nim link do publikacji:

Michał Żmihorski

niedziela, 22 stycznia 2017

I choćby przyszło tysiąc atletów... czyli o wdrożeniach w Polsce

Podręcznikowy przykład upadku świetnie zapowiadającej się polskiej firmy z pogranicza nauki i wdrożeń. Abstrakt przygotowany przeze mnie:

kryształ, który udało się wyhodować czterem naukowcom wywodzącym się z Wydziału Fizyki Uniwersytetu Warszawskiego i Wydziału Chemii Politechniki Warszawskiej, był największy i najwyższej jakości na świecie [...] w spółkę zainwestowała japońska firma Nichia, dzięki wstawiennictwu jednego z jej pracowników – Shuji Nakamury, późniejszego laureata nagrody Nobla z fizyki. [...] W 2010 roku obroty sięgały 1 mln euro [...] Ale trzeba było zwiększyć produkcję [...] wierzyliśmy, że Grupa Azoty z azotku galu stworzy nową gałąź polskiej gospodarki [...] Dla Azotów to powinno być coś interesującego. Byliśmy jednak naiwni. Ludzie zarządzający kluczowymi spółkami Skarbu Państwa nie potrzebują nowych wyzwań [...] Ale jeśli wysyła się do potencjalnych zagranicznych nabywców skrótową informację, że jest taka firma na sprzedaż, a wszelką korespondencję i dokumenty należy zgodnie z wymogami polskiego prawa przesyłać w języku polskim [...] to trudno, żeby się ktoś tym poważnie zainteresował [...] kilkadziesiąt milionów złotych pochodziło [...] z grantów PARP, NCBR i ESA [...] Sobie mogę obecnie zarzucić zbytni optymizm co do ściągnięcia kapitału do Polski i upór, aby projekt rozwijać w Polsce [...] należało znacznie wcześniej ulokować go [...] w innym, bardziej przyjaznym ekosystemie [...] nabywcy przylecieli z drugiego końca świata i natknęli się na konkurentów z Grupy Azoty [...] inwestorzy są zdecydowanie przeciwni wchodzeniu w jakiekolwiek relacje biznesowe w Polsce. W ich opinii Polska jest krajem o podobnej kulturze biznesowej jak Rosja i Chiny

całość tutaj:
 
Mój komentarz: nic nie powstanie ciekawego i ambitnego w Polsce, jeśli nie zmieni się ludzi, którzy tym systemem kierują od dziesięcioleci. Szkoda nawet próbować - lepiej od razu uciekać za granicę!

pozdrowienia ze Szwecji
Michał Żmihorski

wtorek, 17 stycznia 2017

"Przerzuć pionowo, przerzuć poziomo"

Profesor Pacholski powiedział kiedyś, że "Poziom etyczny w polskiej nauce, szczególnie w środowiskach, gdzie są duże pieniądze, czyli w naukach medycznych i technicznych, jest katastrofalny" (całość tutaj; warto przeczytać, choć to tekst sprzed półtora roku) i ja się z tym całkowicie zgadzam. Ewidentnie coś w tym jest, że nasze środowisko ma poważny problem z czymś, co teoretycznie powinno być dla nas najważniejsze - z dążeniem do prawdy i uczciwym jej przedstawianiem, nawet jeśli jest niewygodna dla nas. Zobaczcie jak łatwo zatrudnić naukę na stanowisku ochroniarza tej lub innej opcji politycznej. 

Dostałem dziś anonimowo namiary na ciekawy tekst na blogu "For better science" o publikacjach o western blot'ach produkowanych na polskim uniwersytecie. Autor dowodzi w nim, że ryciny w kilku publikacjach polskich autorów zostały spreparowane poprzez używanie tych samych prążków wielokrotnie. Wygląda na to, że prążki były po prostu przełożone w pionie i poziomie. Uważam, że nagłaśnianie takich spraw, które mają tendencję chowania się pod dywan, jest ważne, więc wrzucam namiary na ten post na blogu. Mnie przeraża sam fakt, ze takie "nieścisłości" (nie chcę tego nazywać inaczej, bo nie wiem czy cokolwiek udowodniono - na razie jest jedna praca wycofana z powodu błędów na rycinach) pojawiają się w medycynie, czyli dziedzinie mającej bezpośredni wpływ na efektywność leczenia itp. Całość jest podwójnie ciekawa, bo dotyczy Śląskiego Uniwersytetu Medycznego, o którym ostatnio słyszeliśmy przy okazji powołania studiów z homeopatii...

Nie znam się na tej tematyce, więc nie będę się wysilał, by pisać od siebie merytoryczny komentarz, przeczytajcie i oceńcie proszę sami:


Michał Żmihorski


poniedziałek, 9 stycznia 2017

Wykorzystanie badań eko-ewo w ochronie przyrody

Na blogu przewijały się już kilkukrotnie odniesienia do roli badań naukowych w ochronie przyrody. Wiele z realizowanych prac ma na celu bezpośrednie rozwiązywania problemów z zakresu biologii konserwatorskiej, a chyba jeszcze więcej badań zawiera wnioski, które mają mniejsze lub większe, bezpośrednie lub pośrednie znacznie w ochronie gatunkowej, siedliskowej itp. 

Tymczasem wykorzystanie takich badań w realiach krajowej ochrony przyrody jest często nieefektywne, a czasami tego typu informacje są celowo pomijane przez decydentów i urzędników odpowiedzialnych za ochronę przyrody. 

Szczególnie w ostatnim dziesięcioleciu wykonano i udostępniono wyniki wielu badań obejmujących zagadnienia z biologii konserwatorskiej. Wiele z takich badań doczekało się wykorzystania w różnego poradnikach do ochrony … , listach gatunków zagrożonych itp. Jednak śledząc sytuację, zarówno w terenie, jak i w zasadach i przepisach regulujących funkcjonowanie ochrony przyrody (i środowiska) w Polsce (zarówno w niedalekiej przeszłości jak i obecnie), często widać luki w praktycznym wykorzystaniu informacji wynikających z badań naukowych, nawet tych „przetworzonych” dla łatwiejszego odbioru przez szersze grono odbiorów, w tym decydentów i urzędników. 

Nie trzeba daleko szukać, żeby podać szereg przykładów, jak choćby problematyka ochrony Puszczy Białowieskiej czy nawracające ujarzmianie rzek.

Z końcem ubiegłego roku pojawiło się nowe rozporządzenie o ochronie gatunkowej zwierząt dostępne tutaj: http://isap.sejm.gov.pl/DetailsServlet?id=WDU20160002183
W czasie konsultacji publicznych pojawił się szereg wniosków (https://legislacja.rcl.gov.pl/projekt/12284754/katalog/12349740#12349740), na bazie których dokonano zmian w rozporządzeniu (http://legislacja.rcl.gov.pl/docs//515/12284754/12349740/12349741/dokument236177.pdf). Co ciekawe, część z uwag została pominięta, bez podania żadnego uzasadnienia, zarówno w BIP RCL czy też w bezpośredniej komunikacji z wnioskodawcami.

Skupiając się tylko na wnioskach wynikających z badań ekologicznych i ewolucyjnych, można znaleźć takie, które przyjęto lub odrzucono, ale podając uzasadnienie np.
https://legislacja.rcl.gov.pl/docs//515/12284754/12349740/12349743/dokument220999.pdf , https://legislacja.rcl.gov.pl/docs//515/12284754/12349740/12349743/dokument223234.pdf (w zakresie taksonomii ryb)

Niektóre inne zmiany wynikające z podobnych przesłanek naukowych wyszczególniono w zbiorczym raporcie https://legislacja.rcl.gov.pl/docs//515/12284754/12349746/12349747/dokument236168.pdf (min. uwzględniono gatunki drastycznie zmniejszające liczebność wśród ryb, dodano lub wycofano taksony – nietoperze, ptaki)

Natomiast inne, oparte na zbliżonych badaniach zostały pominięte bez uzasadnienia np.

https://legislacja.rcl.gov.pl/docs//515/12284754/12349740/12349743/dokument222290.pdf  (wniosek o objęcie ochroną gatunkową taksonu figurującego w czerwonej księdze zwierząt (kategoria EN http://www.iop.krakow.pl/pckz/opis.asp?id=170&je=pl), który występuje jedynie na kilku stanowiskach w kraju, jest wyraźnie odrębny genetycznie, stosunkowo łatwy w identyfikacji, charakterystyczny dla zanikającego siedliska (murawy kserotermiczne), oraz dla którego przedstawiono obszerne uzasadnienie wraz z opublikowanymi badaniami – dla jasności, to akurat wniosek w przygotowaniu którego sam brałem udział).

We wspomnianym powyżej raporcie znajduje się takie zdanie „Proponowane zmiany odzwierciedlają aktualny stan rozpoznania występowania i liczebności populacji, potrzeby ochrony wielu gatunków zwierząt w Polsce oraz porządkują układ taksonomiczny, w obrębie gromady ptaków zgodnie z aktualnym stanem wiedzy”. Świetnie! Pytanie tylko dlaczego w GDOŚ/MŚ uwzględniono tylko część z uwag o takim charakterze, a inne pominięto nie podając nawet uzasadnienia?

Pomijając to, że takie selektywne wykorzystanie informacji naukowych jest deprymujące dla naukowców (po co prezentować wyniki badań naukowych skoro są potem ignorowane? po co w ogóle prowadzić takie badania i [z perspektywy podatnika] po co za nie płacić?), to może mieć wymierny skutek dla rodzimej przyrody np. poprzez zanik taksonu w skali krajowej lub niewłaściwe wykonywanie działań ochronnych bez odniesienia do koniecznej wiedzy przyrodniczej.

Łukasz Kajtoch