sobota, 4 grudnia 2010

Pokrewieństwa

Witajcie,

gdyby ktoś potrzebował obliczyć pokrewieństwa/podobieństwa między
osobnikami genotypowanymi molekularnie i przypadkiem chciałby zrobić
to w R - chętnie udostępnię mały pakiet "rELATE" liczący
pokrewieństwa. Powstał on głównie po frustracjach z użyciem innych
nrzędzi (głównie działających online i wymagających danych w dziwnym
formacie). Aktualnie udostępnia metodę Lyncha&Ritlanda, za "chwilę"
będzie też Queller&Goodnight i możliwe że Wang + już wkrótce mozliwość
korygowania na allele zerowe (Wagner et al. 2006, Heredity
97:336-45).. Jedyne ograniczenia to markery (muszą być kodominujące,
>2 allele/marker, >1 loci) oraz moc komputera (umówmy się że dla n
osobników mamy (n^2-n)/2+n porównań więc ilość danych rośnie dość
szybko). Pakiet pozwala też na ogólne obliczenia (częstości alleli,
docelowo tez miary hetorozygotyczności). Po przetestowaniu i braku
'bugów' (na pewno jakieś i tak zostaną ;)) wrzucę go na CRANa - jak
dotąd,co mnie zaskoczyło, nie było dla R narzędzie do liczenia
współczynników pokrewieństwa/podobieństwa.

pozdrawiam
szymek

2 komentarze:

  1. super!!! ja będę na pewno użytkownikiem tego pakietu bo właśnie robimy genetykę populacyjną świerszcza polnego! Więc na pewno będę próbował o ile moje ograniczone umiejętności pozwolą... A tak w ogóle to gratulacje, jak dla mnie to już wyższa szkoła jazdy
    pozdro
    żmihor

    OdpowiedzUsuń
  2. wbrew pozorom jedyne co potrzeba to cierpliwość w szukaniu sposobów jak prosty i zgrabny wzór z dużą ilością "sigm" i całek przekuć na kawałek kodu ;) na szczęście pod kątem matematyki R daje radę znacznie lepiej niż C czy Python... Zobaczymy ile razy będą mi go wycofywać z CRANa do poprawy z powodu bugów/nieścisłości ;)

    OdpowiedzUsuń