wtorek, 30 sierpnia 2016

Habilitacja - propozycja

Mieliśmy niedawno na blogu burzliwą dyskusję o habilitacji. Myślę, że warto kontynuować ten wątek, bo sprawa jest bardzo ważna, ale w możliwie konstruktywnej formie. Spróbuję stworzyć ramy do takiej dyskusji: proponuję wyobraźmy sobie, że jesteśmy ministrem Gowinem z niczym nieskrępowaną możliwością kreowania nowych przepisów regulujących temat habilitacji. Zostawmy na razie pomysł likwidacji habilitacji w ogóle i spróbujmy poprawić to, co obowiązuje obecnie.
Zgodzimy się zapewne, że funkcjonująca obecnie procedura habilitacyjna, począwszy od braku jasnych kryteriów niezbędnych do spełnienia przez habilitanta, poprzez niewiarygodną wręcz łaskawość Centralnej Komisji w wielu przypadkach, aż do niezrozumiałego procesu recenzji i głosowania przez radę naukową stopnia doktora habilitowanego, jest – delikatnie mówiąc – do kitu. A jak taka procedura wyglądać powinna? Poniżej moja propozycja, którą proszę potraktować jako zaproszenie do dyskusji, krytycznej oceny i przedstawienia własnych pomysłów.

Habilitacja w biologii środowiskowej – propozycja
[w kwadratowych nawiasach moje komentarze]

Wymóg formalny: stopień doktora
Czas od uzyskania stopnia doktora: nieokreślony [można nawet po roku, jak ktoś jest bardzo zdolny]
Zatrudnienie habilitanta: nieokreślone [może być bezrobotny, pracujący zagranicą, lub pracujący poza nauką]
Kto wnioskuje: sam zainteresowany [nie jest potrzebna zgoda/poparcie żadnych instytucji, by wystąpić z wnioskiem o hab.]

Wymagania odnośnie dorobku naukowego:
- co najmniej jeden grant, w którym habilitant jest kierownikiem
- co najmniej 20 publikacji JCR Core Collection po doktoracie [definicja: t+1 lub więcej, gdzie t to rok obrony. Żadne czasopisma spoza JCR CC nie są uwzględniane]
- co najmniej 5 publikacji JCR CC pierwszoautorskich po doktoracie
- co najmniej 5 publikacji z Q1 (pierwszej ćwiartki) listy JCR CC
- co najmniej 200 cytowań bez autocytatów wg ISI CC
[nie wiem jak tu uwzględnić monografie – proponowałbym te wyłącznie po angielsku i zamiast części publikacji]

Wymagania odnośnie dokonania naukowego:
- co najmniej 4 jednotematyczne, pierwszoautorskie prace z listy JCR Core Collection z Q1 lub Q2

Inne:
- Recenzentem habilitacji może zostać wyłącznie osoba indeksie H wg ISI Core Collecition większym niż habilitant i z innej jednostki naukowej niż habilitant [żeby leśne dziadki nie recenzowały]
- Oświadczenia o wkładzie autorów nie są wymagane [w dokonaniu są prace tylko pierwszoautorskie]
- Stopnia dr hab. nie może nadawać Rada Naukowa instytucji w której habilitant pracuje lub pracował na etacie [żeby przyjaciółki „pani Halinki” nie głosowały z sympatii do niej]

Komentarz:
Zostawiam na razie samą procedurę (wniosek do CK i głosowanie przez Radę Wydziału/Instytutu, koszty itp.), choć tu też jest pewnie sporo do zrobienia. Oczywiście możemy się spierać o liczby (np. 200 cytowań czy 300, itp.) i warto to robić. Natomiast zwracam uwagę, że taki model eliminuje wszystkich leśnych dziadków (=wybitnych profesorów, których Scopus określa wspólną nazwą „result not found”) z procesu recenzowania. Poza tym, ważna rzecz: taka habilitacja przestaje być narzędziem do utrzymania władzy leśnych dziadków nad młodymi i ambitnymi naukowcami. Jest odwrotnie: promuje młode, głodne wilki, a filtruje osoby z miernym dorobkiem. Dlatego nie jestem zaciekłym przeciwnikiem habilitacji, bo dobre sprecyzowanie wymogów może z niej zrobić skuteczne narzędzie do podnoszenia poziomu w nauce. Dużą zaletą takiego rozwiązania jest stosunkowo niewielka ingerencja w obowiązujące przepisy – likwidacja habilitacji to rewolucja totalna, wymagająca równoczesnej zmiany wielu innych aktów prawnych, co w Polsce trwa latami i nigdy się nie udaje. A doprecyzowanie wymogów można wprowadzić łatwo i szybko. I odwrotnie, jak ktoś pisał w komentarzach – zniesienie habilitacji wcale nie musi przynieść dobrych rezultatów, wręcz przeciwnie. Dziś część ludzi jednak nie przechodzi przez procedurę habilitacji i żegna się z nauką, a nawet ci robiący słabe habilitacje coś jednak starają się pisać przed przystąpieniem do procedury. Bardzo łatwo mogę sobie wyobrazić, że w przypadku braku habilitacji obie te grupy po prostu nie będą nic robiły, a mając umowę bezterminową będą nie do ruszenia i jeszcze na koniec zrobią profesurę. Więc nie habilitacja lub jej brak jest kluczem, lecz patrzenie na dorobek przy rozdzielaniu kompetencji i środków w nauce.


sobota, 20 sierpnia 2016

Doktorat w Krakowie?



Doktorant/ka poszukiwany/a

Celem projektu  jest uzyskanie gęstej mapy genetycznej dla krzyżujących się ze sobą w naturze kumaków Bombina bombina i Bombina variegata. Mapa taka posłuży w przyszłości do rozwikłaniu zależności między selekcją a przepływem genów w różnych regionach genomu aby:
1. poznać genetyczne podstawy specjacji, 
2. określić jaką rolę odgrywa ogromne zróżnicowanie ekologiczne w tym procesie. 
Znajomość tych kluczowych w biologii ewolucyjnej procesów jest nadal fragmentaryczna; pochodzi głównie z badań taksonów na bardzo wczesnym etapie procesu specjacji lub całkowicie od siebie izolowanych rozrodczo. 

Europejskie kumaki, Bombina, stanowią intrygującą zagadkę. Zróżnicowały się dawno (pliocen), posiadają odmienne adaptacje do różnych siedlisk - różniąc się szerokim zestawem cech fenotypowych - jednak nadal wytwarzają liczne, płodne mieszańce w wąskich strefach kontaktu, wszędzie tam gdzie zasięgi ich się stykają. Mapa sprzężeń posłuży do testowania teoretycznych przewidywań o rozmieszczeniu miejsc/loci podlegających selekcji w całym genomie, które mogą być odpowiedzialne za utrzymywanie się odrębności gatunków mimo hybrydyzacji. Projekt przeniesie klasyczny model ewolucyjny w nową erę genomiki otwierając rozmaitym badaniom szeroką perspektywę.

W szczególności, zamierzamy zmapować ok. 5 000 SNP w DNA wokół miejsc restrykcyjnych (tzw. RAD-seq) u potomstwa  pokolenia F2 posiadanych mieszańców F1. Dodatkowo, analiza histologiczna gonad pozwoli określić płeć potomstwa F2 i zmapować lokalizację genów determinujących płeć (tj. enigmatyczną grupę genów u płazów
i większości owodniowców), genów nierzadko powiązanych z procesem specjacji.

Zmapowanie polimorfizmów RAD-seq w stosunku do scharakteryzowanych przez nas transkryptomów kumaków pozwoli badać konserwatywne grupy synteniczne genów płazów poprzez ortologi genów znanych dla genomu żab szponiastych Silurana, Xenopus, żaby dalekowschodniej Nanorana  jak i innych kręgowców. Uzyskanie mapy genetycznej dla kumaków, pozwoli także poznać lokalizację niektórych transkryptów badanych we wcześniejszym projekcie, dostarczy nowych, gatunkowo specyficznych markerów o znanej lokalizacji i częstości rekombinacji między nimi, użytecznych m.in. w badaniu struktury genetycznej modelowej strefy mieszańcowej kumaków. Innym aspektem jest identyfikacja syntenicznych grup genów kręgowców. 

Oczekiwania:  
znajomość podstawowych technik molekularnych
umiejętności bioinformatyczne
zainteresowanie biologią ewolucyjną                                                                       

Oferujemy stypendium  

prof. dr hab. Jacek M. Szymura
Instytut Zoologii UJ
jacek.m.szymura@uj.edu.pl


poniedziałek, 1 sierpnia 2016

Kurs R

Dostałem prośbę o zamieszczenie ogłoszenia komercyjnego na blogu. Ponieważ rzecz jest godna uwagi i może być przydatna dla wielu osób (sam na taki kurs chętnie bym się wybrał kilka lat temu) zamieszczam to ogłoszenie:


z przyjemnością zapraszamy na szkolenie pod tytułem "Analiza danych biologicznych w R: badania środowiskowe", które odbędzie się w dniach 9-11 września 2016 na Wydziale Biologii UAM w Poznaniu. Kurs poprowadzi dr hab. Jakub Kosicki z Zakładu Biologii i Ekologii Ptaków, Instytutu Biologii Środowiska Wydziału Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.

Jakie zagadnienia zostaną omówione i przećwiczone?
1. Wprowadzenie do środowiska R (instalacja, biblioteki, R studio, import danych do R).
2. Pierwsza sesja w R: gdzie szukać pomocy, operatory, arytmetyka, wektory, indeksowanie
wektorów, macierze, ramki danych.
3. Proste pętle i funkcje.
4. Statystyki opisowe wraz z wizualizacją danych (średnia arytmetyczna, geometryczna,
ucięta, harmoniczna, mediana, moda, odchylenie standardowe, błąd standardowy, rozstęp, rozstęp międzykwartylowy, różne typy wykresów: rozrzutu, histogramy, pudełkowe, skrzypcowe itp.
5. Klasyczna statystyka testowa (testy normalności, jednorodności wariacji, testy parametryczne i nieparametryczne, analiza wariancji).
6. Korelacja i regresja: regresja liniowa, nieliniowa, funkcje sklejane.
7. Analiza składowych głównych.
8. Uogólnione modele liniowe, modele addytywne, drzewa regresyjne.

Dla kogo przeznaczony jest ten kurs?
Kurs jest przeznaczony dla biologów środowiskowych, którzy zainteresowani są analizą danych w R, a jednocześnie nie posiadają umiejętności programowania. Z tego względu podczas kursu jego uczestnicy zapoznają się z podstawami języka programowania, możliwościami analitycznymi w obrębie klasycznej statystki testowej, metodami wizualizacji wyników oraz z podstawami modelowania. Szczególny nacisk zostanie położny na stronę techniczną, czyli pogłębianie znajomości R, przy czym cały aspekt matematyczny zostanie ograniczony do niezbędnego minimum. Zapewniamy materiały szkoleniowe oraz komputery z oprogramowaniem.

Jakie będą efekty?
Po odbyciu kursu, jego uczestnik będzie posiadał niezbędne umiejętności do samodzielnego poszerźania wiedzy o bardziej zaawansowane techniki z wykorzystaniem R. Ponadto, powinien potrafić dostosować metodę̨ analityczną do swoich danych i potrzeb, napisać odpowiedni skrypt w R i zinterpretować otrzymane wyniki.

Czy sobie poradzisz? Na pewno!
Jedynymi koniecznymi wymogami, które musi spełniać każdy kursant, to chęć poszerzania wiedzy i poczucie humoru :)

Zachęcamy do rejestracji! Koszt uczestnictwa wynosi 1000 zł. Formularz rejestracyjny znajdą Państwo pod adresem:

W razie pytań i wątpliwości służymy pomocą.

Pozdrawiam,
dr Joanna Ciomborowska
ideas4biology Sp. z o.o.
tel. 698 141 228