piątek, 13 grudnia 2013

"nie będę więcej publikował w Nature, Cell i Science"

 źródło:wyborcza

Ciekawy artykuł w Wyborczej. Trochę miesza się w nim kwestia pogoni za sensacją z problemem dostępu, ale warto przeczytać. Szczególnie ciekawe są nagrody fundowane przez Chińską Akademię Nauk (u mnie w instytucie, jest też taka nagroda, ale mniej więcej 23 razy mniejsza...)

"Prof. Schekman, laureat Nobla w dziedzinie fizjologii i medycyny, ogłosił bojkot znanych periodyków naukowych. Jego zdaniem, Nature, Cell i Science "zniekształcają proces naukowy"."


a tu link do oryginału w The Guardian:

Na marginesie, rekord autora ze Scopusa:
274 publikacje, h=52, cytowania=8107... nie mam pytań


michał żmihorski



środa, 11 grudnia 2013

PhD position in Prague



Ecological and evolutionary significance of convergence in bird song: male and female responses to mixed singing in hybridizing nightingales

Project background:
Vocalization is important for maintenance of reproductive barriers in many bird species. Interspecific copying of acoustic signals nevertheless frequently occurs, and its ecological and evolutionary significance is still insufficiently understood. The aim of the PhD project is to evaluate potential adaptive value of this phenomenon in our intensively studied system, the contact zone of two hybridizing sister species of nightingales (Luscinia megarhynchos and L. luscinia)1,2. In sympatry, most L. luscinia males incorporate songs of L. megarhynchos in their repertoires but not vice versa3. The student will test in field experiments the possible implications of this asymmetric song convergence: interspecific territoriality, mating preferences and hybridization. Playback experiments and bioacoustic analyses will show how males of both species respond to the mixed song in contrast to the pure species-specific song. Experiments on female preferences will test how mixed song is perceived by potential mates in both species. Detailed genomic analyses performed in parallel with this PhD project, will allow us to put field results into evolutionary context.

1 Storchová R, Reif J and Nachman MW (2010). Female heterogamety and speciation: Reduced introgression of the Z chromosome between two species of nightingales. Evolution 64(2):456-71.

2 Reifová R, Reif J, Antczak M and Nachman MW (2011). Ecological character displacement in the face of gene flow: Evidence from two species of nightingales. BMC Evolutionary Biology 11:138.

3 Vokurková J, Petrusková T, Reifová R, Kozman A, Mořkovský L, Kipper S, Weiss M, Reif J, Dolata PT, Petrusek A (2013). The causes and evolutionary consequences of mixed singing in two hybridizing songbird species (Luscinia spp.). PLoS One 8(4):e60172.



Eligibility:
We expect a motivated student with good experience in field ornithology, able (after some training) to work independently in harsh field conditions. The ideal candidate for this PhD position is interested in both ecology and evolutionary biology, and is willing to learn new methods (experience of bioacoustics is a plus). He/she must have finished the MSc. (or equivalent) by September 2014 at the latest.

Time and place:
The student will work in a young team based at the Faculty of Science, Charles University in Prague, Czech Republic. The project will be conducted in close collaboration with Freie Universität Berlin, Germany. Fieldwork will be conducted in Poland, Czech Republic and Germany. The position is available for up to four years, starting in October 2014.

Salary:
The PhD candidate’s net monthly income will start at 16.500 CZK (ca 610 EUR) in the first year, and may progressively increase with experience and achievements during the study. (Note that living expenses in the Czech Republic are generally lower than in Western European countries.)

Research team:

Tereza Petrusková (Department of Ecology, Charles University in Prague) – supervisor
Jiří Reif (Institute for Environmental Studies, Charles University in Prague) – co-supervisor

Adam Petrusek (Department of Ecology, Charles University in Prague)
Radka Reifová (Department of Zoology, Charles University in Prague)
Silke Kipper (Freie Universität Berlin)

 

How to apply:

If interested, send a motivation letter, CV, publication list, title or abstract of Master (Diploma) thesis, and contact details of 2-3 senior scientists that can provide references on you in a single PDF file to tereza.petruskova@natur.cuni.cz until January 31, 2014. Pre-selected candidates will be encouraged to submit an official application to the university.

poniedziałek, 9 grudnia 2013

Higgs vs. System


Wielu znajomych wrzuca to na facebooka, więc wrzucam i ja wraz z moją, chyba nieco inną od moich kolegów, interpretacją. Ale po kolei.

Tegoroczny noblista z fizyki, Peter Higgs, narzeka bardzo na obecny system produkowania publikacji i mówi m.in.: "Today I wouldn't get an academic job. It's as simple as that. I don't think I would be regarded as productive enough". Cały tekst w The Guardian tu:

Wiele osób komentuje te wypowiedzi w takim tonie: mamy beznadziejny system, po co te publikacje, punkty, impakty, przecież sam noblista wam mówi, że jego badania nie byłyby możliwe, gdyby nasz system, funkcjonował w roku 1964. Częściowo oczywiście trzeba przyznać rację tej krytyce i dobrze jest kiedy wszelkie przegięcia są wyciągane na światło dzienne, a niesprawność systemu jasno pokazana celem jego weryfikacji. Ale taka interpretacja jest dość naiwna i ma kilka słabych punktów:

1. Żeby wiarygodnie porównać sprawność systemu kiedyś i dziś powinniśmy wiedzieć ilu innych "Higgsów" nie odkryło swojego "bozonu" ponieważ system panujący w roku 1964 ich blokował. Wiemy, że obecnie Higgs nie miałby szans, ale czy wiemy ilu geniuszy nie miało szansy w roku 1964? Oczywiście nie! W roku 1964 także obowiązywał jakiś system, który filtrował "kandydatów na noblistę" i część z nich odrzucał. To, że Higgs nie miałby szans dziś nie jest wcale dowodem, że kiedyś było lepiej.

2. Pytanie bardziej ogólne - czy nauczeni przykładem Higgsa, powinniśmy rezygnować ze stosowanych obecnie kryteriów oceniania i filtrowania naukowców (np. publikacje) by przypadkiem nie zastopować kariery współczesnego Higgsa, który jest dziś dopiero studentem/doktorantem? Da ktoś gwarancję, że taki ruch nie przyniesie nam więcej szkody niż pożytku? Pomyślcie koleżanki i koledzy co się stanie w wyniku takiego "uwolnienia" - ocalimy "Higgsa" ale przy okazji wpuścimy tych odrobinę mniej zdolnych... Idźmy dalej - powołującym się na przykład Higgsa warto przypomnieć, że autorzy tekstu opisują go jako człowieka, który "never sent an email, browsed the internet or even made a mobile phone call". Widać więc, że poszukiwania potencjalnego noblisty powinny zatoczyć szerszy krąg - ciekaw jestem jaka lekcja dla konstruowania systemu idealnego płynie z faktu, że noblista nie korzysta z internetu?

3. Pokrzepieni wsparciem noblisty widzimy już w wyobraźni świat idealny, w którym nie ma punktów, sprawozdań, dorobku, ocen, każdy pracuje jak i ile chce, powstają jak grzyby po deszczu nowe odkrycia, przełomowe badania... To oczywista utopia, jakiś system filtracji musimy mieć z tego prostego powodu, że zasobów jest zdecydowanie za mało, by obdarować nimi wszystkich chętnych do robienia nauki (choćby skromnym wynagrodzeniem, o odczynnikach i komputerze nie wspominając). Więc panie i panowie krytykanci, stawiam pytanie - co proponujecie? Według jakiego klucza chcecie rozdawać środki - mam nadzieję, że nie każdemu według potrzeb?!

Na zakończenie - nie ma systemu idealnego i jestem pewien, że w Polsce każdego roku z nauki rezygnuje człowiek, o potencjale równym noblistom, a kilkunastu kolejnych w ogóle do nauki nie przystępuje, bo od wczesnej młodości pracują przy wyrębie lasu albo na poczcie...

michał żmihorski

piątek, 6 grudnia 2013

"Monsanto Targets the Heart of Science"

Wraca temat szczurów, GMO i artykułu, który jakiś czas temu pojawił się na blogu - Przemek Chylarecki zwrócił mi uwagę na ciekawą sytuację z wycofaniem artykułu Seralini et al. 2012. Long term toxicity of a Roundup herbicide and a Roundup-tolerant genetically modified maize. Food and Chemical Toxicology.Cały artykuł, wraz z listą komentarzy w formie Letter to the editor można znaleźć tutaj

Artykuł pokazał, że szczury karmione kukurydzą GMO i poddane bezpośredniemu oddziaływaniu Roundup'u miały wyższą zachorowalność na nowotwory. Ale wiele kwestii na poziomie analizy i interpretacji danych było niejasnych i budziło kontrowersje. Stąd też prawdopodobnie tak ostra krytyka tego artykułu. Cały jego tekst, choć z już częściowo zasłoniętymi figurami, można znaleźć tutaj.

Zastanawiająca jest decyzja i uzasadnienie redaktora naczelnego Food and Chemical Toxicology, warto przytoczyć choć częściowo list wysłany do autora omawianej pracy:

Very shortly after the publication of this article, the journal received Letters to the Editor expressing concerns about the validity of the findings it described [...] Due to the nature of the concerns raised about this paper, the Editor-in-Chief examined all aspects of the peer review process and requested permission from the corresponding author to review the raw data. [...] The corresponding author agreed and supplied all material that was requested by the Editor-in-Chief. The Editor-in-Chief wishes to acknowledge the co-operation of the corresponding author in this matter, and commends him for his commitment to the scientific process. [...] Unequivocally, the Editor-in-Chief found no evidence of fraud or intentional misrepresentation of the data. However, there is legitimate cause for concern regarding both the number of animals in each study group and the particular strain selected. The low number of animals had been identified as a cause for concern during the initial review process, but the peer-review decision ultimately weighed that the work still had merit despite this limitation. A more in-depth look at the raw data revealed that no definitive conclusions can be reached with this small sample size regarding the role of either NK603 or glyphosate in regards to overall mortality or tumor incidence. [...] Ultimately, the results presented (while not incorrect) are inconclusive, and therefore do not reach the threshold of publication for Food and Chemical Toxicology
 
Cały list tutaj, a relacja z całej akcji na blogu Retraction Watch:

W sieci pojawiło się wiele komentarzy wiążących wycofanie (mimo braku ewidentnych błędów lub przekłamań) artykuły z powodu "inconclusive results" z pojawieniem się w redakcji czasopisma człowieka o nazwisku Richard Goodman (link do redakcji), który do niedawna pracował w Monsanto... Kilka linków:

Mój komentarz (w zasadzie trzy):
1. Zgadzam się z Przemkiem, że uzasadnienie wycofania jest cienkie i zarzut "inconclusive" dwa lata po publikacji mocno pachnie jakimś przekrętem...
2. Nie rozumiem, dlaczego autorzy podłożyli się z analizą tego materiału w tak oczywisty sposób - ten cały eksperyment można w łatwy, intuicyjny sposób mocno podrasować, by wyniki były nie do ruszenia.
3. Generalnie bardzo niewiele jest (według mojej skromnej wiedzy) badań pokazujących jak np. Roundup wpływa na bioróżnorodność (w stanie dzikim) - to jest wyjątkowo ciekawy temat, będący na topie z różnych względów i bardzo dziwi mnie, że nie cieszy się on popularnością wśród biologów środowiskowych. Chętnie bym zobaczył choćby proste badania z Polski o chrząszczach, pszczołach, nornikach, ptakach z pól GMO vs control... Czy boimy się Monsanto?? ;-)

michał żmihorski

wtorek, 3 grudnia 2013

Nagroda imienia Artura Rojszczaka


Nagroda imienia Artura Rojszczaka przyznawana wyróżniającym się młodym uczonym

Klub Stypendystów Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej już po raz dziewiąty ogłasza konkurs o Nagrodę im. Artura Rojszczaka, naszego tragicznie zmarłego Kolegi, znakomitego filozofa, jednego z założycieli i głównych animatorów Klubu.

Istnieje wiele programów nagród przyznawanych za wybitne osiągnięcia naukowe. Jednakże, w czasach pościgu za sukcesem mierzonym komercyjną skutecznością aplikacji czy pozycją w indeksie cytowań na rynku literatury naukowej, pewne fundamentalne dla świata nauki wartości umykają uwadze sponsorów i nieczęsto są nagradzane. Nagroda Artura ma za szczególne zadanie promować humanistyczną postawę, szerokość horyzontów i umiejętność przekraczania ram wąskich specjalizacji naukowych - a więc te wartości, których wspaniałym uosobieniem był nasz Kolega. Intencje jakie nam przyświecały kapitalnie odczytał profesor Maciej Grabski, wieloletni prezes FNP i honorowy członek Klubu:
Nie jest to, ściśle rzecz biorąc, nagroda za osiągnięcia naukowe, bowiem zgodnie z regulaminem Laureat musi nie tylko prowadzić rzetelną działalność naukową, dydaktyczną i społeczną, ale również powinien umieć przekraczać granice swojej specjalizacji. Wzorca nie powinien więc stanowić nawet bardzo wybitny ale zaszyty nosem w swoje kajety uczony. Chodzi więc nie o promowanie “poprawności naukowej” ale o postawy aktywne, o wyróżnienie ludzi wokół których coś się dzieje, którzy potrafią swoją pasję naukową przenieść poza własne biurko czy stół laboratoryjny, a więc nie zawężających swojego pola widzenia “końskimi okularami” własnej dyscypliny. ... W naszej nauce, prześladowanej lokalnymi fundamentalizmami i totalną nieumiejętnością ogólnonaukowej dyskusji oraz brakiem autorefleksji nad samym sobą, takich postaw bardzo brakuje.

Pragniemy też, by nagroda Artura przyczyniła się do promowania Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej i jej osiągnięć. Każdy z nas dostąpił zaszczytnego wyróżnienia, jakim było przyznanie stypendium FNP. Chcemy, by cząstka tego, co sami otrzymaliśmy, przyczyniła się do wsparcia tej jedynej w swoim rodzaju instytucji działającej w Polsce.

Nagroda im. Artura Rojszczaka jest indywidualną nagrodą pieniężną (5000 zł) przyznawaną młodym doktorom, którzy obronili pracę doktorską w ciągu ostatnich pięciu lat. Kandydatów do Nagrody mają prawo zgłaszać członkowie Klubu na podstawie informacji własnych i przekazanych im przez środowisko naukowe. Termin składania wniosków przez członków Klubu upływa 31 stycznia 2014 roku. Regulamin nagrody jest dostępny na stronie internetowej Klubu (www.ksz-fnp.org). Na tej samej stronie dostępne są informacje o członkach naszego Klubu, z którymi można się kontaktować w sprawie proponowanych kandydatów, a także informacje o laureatach poprzednich konkursów.

Będziemy bardzo wdzięczni za pomoc w upowszechnieniu informacji o ustanowionej przez nas nagrodzie.

Tomasz Klimczuk - opiekun Nagrody
NagrodaArtura@ksz-fnp.org
Wydział Fizyki Technicznej i Matematyki Stosowanej
Politechniki Gdańskiej, Gdańsk, tel. (58) 348 6611

więcej info na stronie internetowej: