niedziela, 26 grudnia 2010

Pytania statystyczne CD

Święta świętami, ale mam problem z obliczeniami i liczę na Waszą pomoc: 

Parametry modelu regresji logistycznej: exp(B) czyli Odds Ratio (OR). Pytanie: Jak standaryzować OR dla predyktorów typu covariate i typu fixed factor??? Chciałbym porównać realny efekt poszczególnych predyktorów z modelu i nie bardzo mam na to pomysł, bo czym innym jest OR=2 dla predyktora kategorycznego, który ma dwie kategorie, a czym innym dla predyktora ciągłego, który się zmienia w zakresie np. od 1 do 1000... Czy te wszystkie świetne programy nie generują takiego standaryzowanego ORa? Bo rozumiem, że na piechotę mogę to liczyć wg. wzoru: exp(B*zakres zmiennej)

dzieki, pozdrawiam
michał żmihorski

czwartek, 23 grudnia 2010

święta...

Przesyłam namiary na świąteczny tekst w Nature od Piotrka Tryjanowskiego, z życzeniami na święta od niego i ode mnie: udanej pracy w święta :o)

http://www.miiz.waw.pl/pliki/pracownicy/zmihorski/4501156a.pdf

środa, 22 grudnia 2010

Sposób na nieprzychylnego recenzenta...

Podrzucam linka znalezionego przez Tomka Mazgajskiego. Co prawda nie z naszego podwórka ale warto rzucić okiem:
http://wiadomosci.gazeta.pl/Wiadomosci/1,80269,8854124,Na_lawe_oskarzonych_za_recenzje_pracy.html

Własnie dostałem "negatywa" z Biodiv Conserv i tak się zastanawiam co robić...  :o)

GRANTY - już za chwileczkę, już za momencik...

...słyszymy już od półtora tygodnia w MNISW: najpierw, że wyniki grantów będą piątek, w poniedziałek pani z MNISW odsyła na stronę internetową bo "wyniki już tam powinny być", wtorek nadal nic, środa bez zmian... Trochę to jest jednak mało profesjonalne i trwa okropnie długo, setki osób dzwonią, co chwila loguję się do OSF, tracą czas. Czy MNISW nie może ogłosić konkretnego terminu i go dotrzymać?

Nowy skład Rady Narodowego Centrum Badań i Rozwoju

Pod koniec roku wysyp nowych Rad - tym razem o Radzie Narodowego Centrum Badań i Rozwoju (NCBR). W poniedziałek, 20.12 ogłoszono nowy jej skład:

http://www.nauka.gov.pl/ministerstwo/aktualnosci/aktualnosci/artykul/nowa-rada-narodowego-centrum-badan-i-rozwoju-1/%3E

Co ciekawe, na stronach NCBR nic o tym jeszcze nie napisali, no ale wiadomo: idą święta, nowy rok, potem trzech króli...

Z nazwisk bliskich sprawom ekologiczno-ewolucyjnym to jest w Radzie m.in. prof. Tryjanowski - gratulacje!

Rada Narodowego Centrum Nauki

Na stronie Narodowego Centrum Nauki pojawiło się info o składzie Rady Centrum i zakresie jej obowiązków:


http://www.ncn.gov.pl/index.html

jak dla mnie to zakres obowiązków wygląda dość strasznie, bo jest to m.in.:
  • określanie maksymalnie trzydziestu dyscyplin lub grup dyscyplin, w ramach których będą ogłaszane i przeprowadzane konkursy na realizację projektów badawczych;
  • określanie priorytetowych obszarów badań podstawowych zgodnych ze strategią rozwoju kraju;
  • ustalanie wysokości środków finansowych przeznaczonych na realizację projektów badawczych w ramach poszczególnych dyscyplin lub grup dyscyplin;
  • określanie tematyki projektów badawczych i warunków przeprowadzania konkursów na ich realizację
Szczerze mówiąc trochę się boję odgórnego narzucania np. "tematyki projektów badawczych", złośliwie można dodać, że krokiem dalej byłoby głosowanie nad tytułami publikacji, które powinny się ukazać w najbliższych latach. Z powyższych punktów wynika, że Rada będzie mocno ingerowała w działalność naukową jednostek... Powstaje wiele pytań: co z dyscyplinami, które nie zostaną wytypowane przez Radę? Trochę się chyba oddalamy od wizji wolnego rynku naukowego i spontanicznego rozwoju nauki weryfikowanego przez recenzentów dobrych czasopism

michał żmihorski

P.S. ktoś (może anonimowo) mógłby skomentować skład osobowy rady? Bo chyba nie kojarzę nikogo, ale ja dużo w lesie przebywam...

środa, 15 grudnia 2010

Musisz być gorszym, żeby być równiejszym ;) ... czyli znów o doktorantach

Witam,
Dzieki uprzejmosci Oli Langowskiej, przekazuje poniższy link:

http://tygodnik.onet.pl/30,0,56892,raport_trzeciego_stopnia,artykul.html

a rzecz tyczy sie doktorantow na UJ (i w domysle - w calej Polsce)
Mnie najbardziej rozbawil krotki fragment: "Doktoranci często nie zdają sobie sprawy, że mogą zgłaszać swoje sugestie dyrekcji instytutu lub władzom wydziału"
Jestem bardzo ciekaw co na to powiedzą doktoranci UJ, ktorzy pojawiaja sie na blogu ;))
Pozdrawiam
PSkorka

wtorek, 14 grudnia 2010

Acta Theriologica wydawane przez Springera

Od niedawna Acta Theriologica jest wydawane przez Springera. Zeszyt 1/2011 ma mieć też nową szatę graficzną:
Tutaj namiary na stronę AT już jako Springer:
http://www.springer.com/life+sciences/animal+sciences/journal/13364

A tu dostęp do kilku poprzednich roczników, także ze strony Springera:
http://www.springerlink.com/content/121818/?Content+Status=Accepted

No i rzucam pytanie do dyskusji o plusy i minusy takiego trasnferu, bo z jednej strony to wzrasta prestiż czasopisma, Springer ułatwia na pewno jego dystrybucję, zarządza stroną internetową, submicjami itp., a z drugiej... no właśnie, są jakieś minusy?

środa, 8 grudnia 2010

Selfplagiarism

http://www.nature.com/news/2010/101207/full/468745a.html

fajny felieton w Nature na temat (re(re(re(re))))re-publikowania ;)
swoich własnych badań. Nie powiem - natknąłem się na to już
kilkakrotnie na naszym własnym podwórku, ale nie sądziłem że jest to
tak powaznie traktowane...

sz.

Wyniki konkursu Juventus Plus

Jak dla mnie sensacja: w trybie ekspresowym - od 29 listopada do 7 grudnia (~tydzień) - Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego oceniło kilkaset grantów (304 przeszły, a wiemy, że złożonych było sporo więcej). Ciekawe jakie były kryteria ocen i czy dostaniemy jakieś recenzje?

Wyniki tu:
http://www.nauka.gov.pl/ministerstwo/aktualnosci/aktualnosci/artykul/wyniki-konkursow-w-ramach-programow-ministra/

niedziela, 5 grudnia 2010

Recepty

http://www.nrbook.com/a/bookcpdf.php

zastanawiam się na ile to się komuś przyda ale ja jestem zachwycony ;)
1000 stron z pożytecznym kodem gdyby ktoś chciał sobie coś
modelować/liczyć/symulować, począwszy od prostych statystyk do równań
różniczkowych i metod randomizacyjnych - no i nie jako suche wzroki
tylko napisane od razu pod C++.

sz.

sobota, 4 grudnia 2010

Pokrewieństwa

Witajcie,

gdyby ktoś potrzebował obliczyć pokrewieństwa/podobieństwa między
osobnikami genotypowanymi molekularnie i przypadkiem chciałby zrobić
to w R - chętnie udostępnię mały pakiet "rELATE" liczący
pokrewieństwa. Powstał on głównie po frustracjach z użyciem innych
nrzędzi (głównie działających online i wymagających danych w dziwnym
formacie). Aktualnie udostępnia metodę Lyncha&Ritlanda, za "chwilę"
będzie też Queller&Goodnight i możliwe że Wang + już wkrótce mozliwość
korygowania na allele zerowe (Wagner et al. 2006, Heredity
97:336-45).. Jedyne ograniczenia to markery (muszą być kodominujące,
>2 allele/marker, >1 loci) oraz moc komputera (umówmy się że dla n
osobników mamy (n^2-n)/2+n porównań więc ilość danych rośnie dość
szybko). Pakiet pozwala też na ogólne obliczenia (częstości alleli,
docelowo tez miary hetorozygotyczności). Po przetestowaniu i braku
'bugów' (na pewno jakieś i tak zostaną ;)) wrzucę go na CRANa - jak
dotąd,co mnie zaskoczyło, nie było dla R narzędzie do liczenia
współczynników pokrewieństwa/podobieństwa.

pozdrawiam
szymek